适用背景 昨天写的文章[//www.greatytc.com/p/8a81071571d9]介绍了Anndata对象转成Seurat对象的流程,但是比较稀碎,所以这...
学习资料来源:scanpy主页:https://scanpy.readthedocs.io/en/stable/[https://scanpy.readthedocs.io/...
前言 Scanpy是基于Python语言的类似Seurat的单细胞转录组分析工具,本文汇集了Scanpy的常规操作。 加载模块和设置 读入矩阵 合并多个对象 添加注释 输出矩...
R直接生成loom,还能进一步直接减少IO时间,大矩阵读入读出太费时间了
适用背景 单细胞转录组调控网络分析是单细胞转录组分析内容的高级分析之一,本文将介绍SCENIC/pySCENIC的流程,具体原理和内容不展开,主要展示代码复现流程。R的SCE...
df = df.loc[:, (df != 0).any(axis=0)]
方法一: 这样就可以任意修改为自己的颜色了 方法二: 如果想要调整指定的点的大小: