有的 R 包可能要求一个更高版本的 R 才能安装或正常工作，所以先安装或者更新R，来更轻松地安装并使用最新的 R 包。 一、 1. 更新 R 到更高版本 ① 在 Ubuntu...
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有的 R 包可能要求一个更高版本的 R 才能安装或正常工作，所以先安装或者更新R，来更轻松地安装并使用最新的 R 包。 一、 1. 更新 R 到更高版本 ① 在 Ubuntu...
一、 安装 R 基础环境 如果还没有安装 R，请先安装 R 的基础环境。在大多数 Linux 发行版中，可以通过包管理器来安装 R。 ① 对于 Ubuntu/Debian 系...
今天来学习，测序数据处理 1、初级处理：数据读取、均一化、简单比对； 2、深度学习：统计学分析、功能注释、遗传分析、序列对比。 一、首先介绍一下概念 1. 数据读取 数据读取...
第1节 测序技术 全基因组测序的英文是Whole Genome Sequencing，简称WGS，目前默认指的是人类的全基因组测序。 所谓全（Whole），指的就是把物种细胞...
第2节 FASTA和FASTQ 其实之前有写过，FASTA和FASTQ 的部分内容。在本次就更详细地介绍一下。 首先，FASTA 和 FASTQ 是存储核苷酸序列信息（即 D...
第3节 数据质控 一、正式流程的搭建，整个完整的流程分为以下6部分： ① 原始测序数据 fastq 的质控 QC； ② read比对，排序和去除重复序列； ③ Indel区域...
一、什么是多组学分析？ Multi-omics是指在一个研究中整合和分析多种组学数据的技术和方法，这些组学包括但不限于： ① 基因组学（Genomics）：研究基因及其功能。...
第4节构建WGS主流程 这是WGS数据分析的流程图。流程的目的是准确检测出每个样本（这里特指人）基因组中的变异集合，也就是人与人之间存在差异的那些DNA序列。 一、准备阶段 ...
物种丰度堆积柱状图是一种常用的生态学可视化工具，用于展示不同物种在样本中的相对丰度和组成。 1、运行代码： #importdata and modify itphylum<-...
一、短序列比对、双序列比对和多序列比对的区别 二、短序列比对主要是将测序的reads重新定位到基因组上，这个过程也叫回帖，mapping。 （1）基本概念 a. 覆盖深度与覆...
1、引言 BLAST 是一种基于序列相似性进行比对的常用算法。通过在数据库中搜索相似序列，BLAST 能够快速识别和注释序列的功能、结构及进化信息。 2、基本原理 BLAST...
blast的短序列比对 blast所使用的query一般为基因等序列较长的对象，但有时候我们也需要使用短的query序列[https://www.cnblogs.com/em...
全基因组关联分析（GWAS）流程 一、准备 PLINK 文件 1. 生成 PED 文件 PED 文件至少包含以下六列： - Family ID - Individual ID...
1、什么是SNP上位效应 SNP（单核苷酸多态性）的上位效应（epistatic effect） 是指不同基因位点间的相互作用对表型或性状的影响。当两个SNP共同作用时，其对...
一、BLAST：短序列比对工具指南 BLAST（Basic Local Alignment Search Tool）是一款常用的短序列比对工具，支持直接输入FASTQ格式的序...
从GEO数据库（NCBI GEO）下载适合的基因表达数据集通常包括以下步骤： 1、网址链接：主页 - GEO - NCBI[https://www.ncbi.nlm.nih....
1、上次介绍了怎么下载数据，这次介绍怎么用R来做一个示例数据进行某个模块的分析 例如 ： 1）各列的解释： ① Gene_1, Gene_2, ..., Gene_200：基...
今天介绍基础概念 该流程图简要概述了加权基因共表达网络分析的主要步骤。图片来源于：https://bmcbioinformatics.biomedcentral.com/ar...
一、概念 机器学习（Machine Learning）是一种通过让计算机从数据中自动学习和改进的技术。它是人工智能（AI）的一个分支，专注于开发能够识别模式、进行预测或推断的...
一、单细胞数据库汇总表（全文最全！无之一！） 太多了，放不下，分三张展示，需要文档的dd~ 二、挑几个数据库介绍一下 1、scRNASeqDB：：https://bioinf...