在做monocle的时候,我们最纠结的地方莫过于确定细胞的起点了。如果是比较明确的分析知道起点,或者有参考文献,结合自己的生物学背景能够推断还好,可是如果自己一篇空白,该怎么...
在做monocle的时候,我们最纠结的地方莫过于确定细胞的起点了。如果是比较明确的分析知道起点,或者有参考文献,结合自己的生物学背景能够推断还好,可是如果自己一篇空白,该怎么...
很久以前,我们在写单细胞分析的时候,就写过GSVA分析了,GSVA分析的全名叫Gene Set Variation Analysis,能够分析基因集/通路的活性程度,具体的原...
单细胞GSEA分析需要的文件有两个:1. 单细胞基因表达变化数据(两列,一列是geneid/gene symbol,一列是logFC)(文件格式:.rnk)2. 目标基因集(...
单细胞富集分析系列: 单细胞之富集分析-1:单细胞GSEA分析流程[//www.greatytc.com/p/00f069cb239c] 1. 背景 Gene Se...
其实在前面也提到过Pseudotime分析,拟时间序列分析(Pseudotime分析)是通过构建细胞间的变化轨迹来重塑细胞随着时间的变化过程。从具体的分类分析和复杂程度来说,...
先来个简单的,之前有小伙伴咨询一篇Cell文章中的饼图,展示的是celltype比例,其实之前我们写过很多展示细胞比例的图,这里复现这个3D版的正好弥补我们没有介绍过3D饼图...
计算每个细胞的CNV score或者判断每个细胞是否是癌细胞 文献《Single-cell RNA-seq highlights intra-tumoral heteroge...
在上一篇中,我已经讲解了展示marker基因的前两种图形,分别是tsne/umap图、热图,感兴趣的读者可以回顾一下。这一节我们继续学习堆叠小提琴图和气泡图。 3. 堆叠小提...
这是Sanger 研究所 2018 年 发表的在《Nucleic Acids Research》上的关于COSMIC v86 新版本的一篇文章,对 COSMIC 数据库功能和...
ORA富集分析只需要提供差异基因列表,GSEA富集分析还需要提供对应差异倍数信息。但二者都是基于差异分析得到的结果。Gene set variation analysis (...
zhuang_gj 2020/10/11 ssGSEA算法原理及应用[#ssgsea%E7%AE%97%E6%B3%95%E5%8E%9F%E7%90%86%E5%8F%8A...
TCGA风险模型类生信文章中,经常会对高低风险组进行16种免疫细胞和13种免疫功能评分的比较,就会用到一个29个免疫特征的基因集(16种免疫细胞和13种免疫功能评分),如下图...
https://zhuanlan.zhihu.com/p/597338272[https://zhuanlan.zhihu.com/p/597338272]https://z...
最近有小伙伴问道一个问题,如何在一个单细胞UMAP/TSNE图上展示多个marker基因的表达,乍一看挺简单的,后来也是思考了一些时间,慢慢解决了这个问题。 首先,Seura...
单细胞富集分析系列: 单细胞之富集分析-1:单细胞GSEA分析流程[//www.greatytc.com/p/00f069cb239c] 单细胞之富集分析-2:批量...
前面给大家介绍了如何使用R自带的heatmap函数+R自带的配色方案来绘制热图 ☞【R语言】热图绘制-heatmap函数+默认配色方案[https://link.zhihu....
hello,大家好,今天我们来实现一下下面的这张热图 我们最关注的就是图的右边只标记感兴趣的基因,如何实现呢??? 准备作图文件 接下来,让我们来实现一下上面的热图。 为了绘...
作者:biogevin审稿:童蒙编辑:amethyst 我们在前面已经介绍过膀胱细胞的相关背景(认识膀胱细胞——单细胞水平比较Human和Mouse的不同[http://mp...
文献信息 【文章标题】Spatial transcriptomics reveals that metabolic characteristics define the tu...