关键词 批次效应 批次校正 单细胞数据整合 适用背景 单细胞数据由于实验平台或样本等原因会造成不同数据集之间存在批次效应，这种批次效应是人为因素造成的，没有实际的生物学意义，...
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关键词 批次效应 批次校正 单细胞数据整合 适用背景 单细胞数据由于实验平台或样本等原因会造成不同数据集之间存在批次效应，这种批次效应是人为因素造成的，没有实际的生物学意义，...
日常瞎掰 昨天看到一个关于女孩找对象方面的笑话，大概内容是这样的：一个女孩天天为应该找一个什么样的男朋友而纠结，于是这个女孩便向大师寻求帮助。 “大师，我应该找一个什么...
由于下载的h5ad文件太大，如果转成Seurat对象总是报错内存不足，所以想按样本对h5ad对象进行拆分。在此之前，首先要下载好scanpy pyhon package 之前...
①高低风险组某基因表达量差异分析 ②药物敏感性分析 安装 pRRophetic 包，首先要安装它的依赖包 依赖包安装成功后，从本地安装pRRophetic压缩包 安装好之后我...
博主您好，感谢您的无私分享！想跟您问一个问题，我按照您的方法分完组后，我想看一下不同亚组的summary数据，所以我直接用了plotmafSummary命令，不过出现了报错：unable to find an inherited method for function ‘getSampleSummary’ for signature ‘"data.table"。我去看了下谷歌，发现summary需要maf文件输入，而您代码里分组分出来的是data.table，想跟您请教一下这个该如何将datatable转换成maf呢？
【R>>maftools】亚组突变信息提取在分析TCGA数据时，不可避免的需要对亚组的突变情况进行展示，这个时候oncoprint瀑布图便成为了首选，下面就来共同学习下如何提取亚组的突变信息吧。 1.突变及临床数据下...
目前主流的免疫浸润计算方法是CIBERSORT和ssgsea，今天介绍CIBERSORT。 1.输入数据要什么 下面这段话摘自CIBERSORT的介绍 Importantly...
前言：在构建ceRNA 网络时，需要计算lncRNA 与 蛋白编码gene (pc gene） 间的表达相关性，一般采用皮尔逊相关系数。具体如何做呢？ 首先获得lncRNA...
有的时候我们用ggplot2画了图，比如说散点图，那么如何在一堆点里标出我们关注的点呢？ 比如：我想把后两列用散点图表示出来，那么： 如果想改变点的形状，这里是数字对应的形状...
这两天做项目分析用到了GLMM模型，由于不明白GLMM和我之前学习的线性回归模型有啥区别，就差了点相关资料，今天汇总一下吧。 线性回归 --> 线性混合效应模型 我们知道，线...
TCGA学习01：数据下载与整理 - 简书 TCGA学习02：差异分析 - 简书 TCGA学习03：生存分析 - 简书 TCGA学习04：建模预测-cox回归 - 简书...
Zen君的配置是macbook pro，升级到Mac Serria安装不了qt，无法显示图片，好在发现了pytorch，正好Zen君以前也玩过python的，所以非常激动。这...
Luecken MD, Theis FJ. Current best practices in single-cell RNA-seq analysis: a tutoria...
随着大数据时代的到来，越来越多的网站、应用系统需要支撑海量数据存储，高并发请求、高可用、高可扩展性等特性要求，传统的关系型数据库在应付这些调整已经显得力不从心，暴露了许多能以...
## 贝叶斯定理 推荐阅读：如何理解贝叶斯公式？条件概率，全概率，贝叶斯公式理解 警察抓酒鬼 问题描述：酒鬼有90%概率外出喝酒，只有可能在A、B、C三个酒吧，概率相等，警察...
============================================写在前面：可以参考另外一篇《得到差异基因后怎么做？[https://www.jians...
