DiscoVista是一个可视化多物种树的软件，由python2编写；大家在安装的时候可以单独构建一个python2的环境。 下载安装包 安装r...

Dsuite软件的网站在Github上，GitHub - millanek/Dsuite: Fast calculation of Patter...

之前有小伙伴反应说是BUSCO很难安装，这里我们使用mamba来进行安装，首先安装mamba 成功！然后开始安装busco， 成功！记得每次使用...

在进行单拷贝直系同源基因构建系统发育树之前，我们会将一些出现频率比较低的单拷贝直系同源基因过滤掉，这就需要先统计频率了，这个脚本使用find函数...

当我们提取完所有的单拷贝直系同源基因之后，需要把所有物种的同个基因复制到同一个fasta文件中，因此，写下了这个代码，其中gene_list.t...

构建完系统发育树后，根据需要有些情况下需要对物种名称重命名，这个python脚本就是可以将rename.list中的对应名称替换到tree中。

在把序列合并起来以后，如果要用于建树的话，一般在此之前建议看一下序列的常规指数，比如序列的长度、序列的配对相似度、序列的有效信息位点、还有序列的...

平时我们对每个基因组做了BUSCO，但是官方提供的画图代码很难用，所以决定自己提取出BUSCO的结果并进行画图，这一串代码就可以批量从BUSCO...