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CytoTRACE是一款基于单细胞计数矩阵推测细胞间活性和细胞间相对分化状态的一款软件，这里我们结合实际代码例子，解释CytoTRACE的数学原理： step 1:这一步先将...
转自：生信技能树这是目前发现不错的ATAC系列，原作者在简书也有更新//www.greatytc.com/u/d5b900bea027 ATAC系列连载： ATAC...
Seurat4.0系列教程告一段落，但这决不是终点。这个系列教程是给大家打开一扇窗，让大家知道Seurat4.0有这些功能可用，少走弯路。后续还要自己深入研究。学，然后知不足...
本文首发于我的个人博客， http://xuzhougeng.top/ 第1章: ArchR基础入门 这一章将会介绍如何导入数据，如何构建Arrow文件，这是后续ArchR分...
单细胞数据挖掘实战：文献复现（一）批量读取数据[//www.greatytc.com/p/c9da06d451b9]单细胞数据挖掘实战：文献复现（二）批量创建Seu...
刘小泽写于19.10.8前几天单细胞天地推送了一篇整合scRNA数据的文章：使用seurat3的merge功能整合8个10X单细胞转录组样本这次根据推送，再结合自己的理解写一...
今天在绘图时，打算绘制vennplot，我的第一反应就是使用软件来绘制，比如是TBtools工具，以及相关的网站。这些都是比较方便的，但是有弊端就是这些只能绘制小于等于6个类...
单细胞绘图系列： Seurat绘图函数总结[//www.greatytc.com/p/95e61f7e834d] 使用ggplot2优化Seurat绘图[https...
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1 Introduction 随着越来越多的scRNA-seq数据集的产生，在它们之间进行比较就显得非常关键。一个核心的应用是比较不同实验室收集的类似生物来源的数据集，以确保...
时间序列单细胞转录组数据分析 文章是: Reconstruction of developmental landscapes by optimal-transport ana...
说在前面 单细胞数据分析发展到现在越来越平民化了，如今对于很多小伙伴来说，入门单细胞数据分析要比几年前简单多了，这主要得利于很多轻便而且一站式的单细胞数据分析软件的使用，其中...
说在前面 说到细胞分化轨迹的推断，想必很多小伙伴第一会想到的是monocle2这个软件，但是它只能做到oneshot，不能捕捉到细胞分化的动态过程。另一种高阶的算法是RNA速...
莎莎写于2020.5.2这是5月坚持的第2天，要一直坚持写啊，加油! 差异基因的功能注释和富集分析: • GO和KEGG富集分析• 基因集富集分析 MsigDB数据库 G...
今天我们来复现一下一篇《cell》文章中的图标，图如下： （Liver Immune Profiling Reveals Pathogenesis and Therapeut...
