WGCNA图文详解(七)-eigengene network的可视化 还是老习惯，给出官网教程，至于你是看还是不看，它就在那里，等着你的深入研究～ https://horva...
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WGCNA图文详解(七)-eigengene network的可视化 还是老习惯，给出官网教程，至于你是看还是不看，它就在那里，等着你的深入研究～ https://horva...
在上一篇帖子上完成了表达量数据和表型数据的整理，这篇文章将进行网络构建和模块检测。 WGCNA（1）：R包安装及数据导入清洗 - 简书 (jianshu.com)[https...
WGCNA：加权基因共表达网络分析，简而言之，就是将基因划分为若干个模块，探究与表型数据与基因模块之间的相关关系，并找到模块中的核心基因。 适用于复杂的数据模式，推荐5组(或...
在前两篇帖子中介绍了数据的导入清洗，以及一步法构建网络，这篇文章将介绍网络构建的第二种方法，分步法。WGCNA（1）：R包安装及数据导入清洗 - 简书 (jianshu.co...
作者你好呀，想请问一下为什么要去掉Q矩阵的最后一列呢？
重测序分析（16）GWAS分析实操（2）gwas_emmax_Q使用Q矩阵作为协变量使用emmax进行GWAS分析 数据准备 1.上个推文中vcf转的tped文件snp_filter.mapsnp_filter.nosexsnp_filt...
数据处理 VCF转为 rrBLUP {-1,0,1} 格式 rrBLUP可识别的基因型格式为 {-1,0,1} （行头为marker，列为sample），因此需要对基本数据...
想请教一下怎么进行k折交叉验证呢
【GS模型】全基因组选择之rrBLUP[toc] 1. 理论 rrBLUP是基因组选择最常用的模型之一，也是间接法模型的代表。回顾一下，所谓间接法是指：在参考群中估计标记效应，再结合预测群的基因型信息将标记效应累...
GATK的HaplotypeCaller 应该是目前最常用的变异检测软件，尤其是在人类基因组上。不过HaplotypeCaller的速度相对于其他软件，例如bcftools,...
以GATK流程为例，简单来说，SNP Calling主要包括以下几步： 1. 给参考基因组建立索引：samtools faidx、bwa index, gatk Create...
GATK4.0 和之前的版本相比还是有较大的不同，更加趋于流程化。 软件安装 点击此处 查看最新版本 GATK 简单说明 GATK分析简要流程 所需数据 ref.fa rea...
使用BWA+samtools+gatk4.0进行SNP calling 首先下载数据eg： 01.align 首先定义相关用到的变量，然后使用baw创建索引之后进行map。 ...
一.软件下载安装 🔸bwa：https://github.com/lh3/bwa[https://github.com/lh3/bwa]安装及命令详解参考：http://st...
一、简介 md5sum计算检验MD5效验码。MD5算法常常被用来验证网络文件传输的完整性，防止文件被人篡改。MD5全称是报文摘要算法（Message-Digest Algor...
annovar简介 在我们做重测序，或者比较基因组学分析的时候，我们往往在call snp或者indel的时候，需要对我们的变异位点进行注释，而annovar官网提供的注释库...
