表型分析之最优无偏预测 最佳线性无偏预测（Best Linear Unbiased Prediction，简称BLUP）可以对多环境数据进行整合，去除环境效应，得到个体稳定遗...
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表型分析之最优无偏预测 最佳线性无偏预测（Best Linear Unbiased Prediction，简称BLUP）可以对多环境数据进行整合，去除环境效应，得到个体稳定遗...
Pophelper基本说明 群体遗传下游分析中的一项常规分析即是群体结构的分层展示(STRUCTURE ANALYSIS)，不同于系统树和PCA，群体结构分层可以分断出小群体...
最近在学习构建进化树，尝试了用PHYML构建ML树和用MrBayes构建贝叶斯树，因为构建ML树时用的是网站的PHYML进行的，操作简便，所以就未做整理，只详细整理了一下贝叶...
Phytozome 作为专门收录植物基因组的网站,在基因组数据的下载、查询、可视化浏览等方面做的都很不错。为了下载整个Phytozome数据库，我先后使用了requests库...
都2020年，你怎么还是 Phytozome v12， Phytozome v13 怎么使用?
都2020年了，我不允许你不会用phytozome数据库嗨嗨，好久不见，太久没有更新啦。前几天和老师讨论实验的时候，他提到了这个数据库挺方便，之前只是听说过，没有研究过怎么用，回来之后我就仔细看了下，今天顺便记录一些基本操作哈。 ...
call Indel之前少了局部重新比对，第一步，通过运行RealignerTargetCreator来确定要进行重新比对的区域。第二步，通过运行IndelRealigner在这些区域内进行重新比对。也没有对bam文件里reads的碱基质量值进行重新校正，
bwa+samtools+picardtools+GATK call SNP 流程call SNP GATK bwa+samtools 参考文档 一、原始数据处理 测序得到的RAW DATA，使用NGSQCToolkit进行过滤$PATH/Il...
