steamsn

--------------- Nickier 2018-12-21 --------------- samtools是一个用于操作sam和bam文件的工具合集。能够实现二进...

steamsn

作业记录：在Linux操作系统上利用各类生物软件练习组装细菌基因组 使用到的一系列工具（提前安装）：SRA-toolkit，Fastqc，trimmomatic，SPAdes...

steamsn

背景 宏基因组组装，即把短的reads拼装成连续的序列contig，再根据PE等关系将contig拼装成scaffold。与单个基因组组装不同，宏基因组组装最终得到的是环境样...

steamsn

1 Bedtools:一个强大的基因组算法工具集 Bedtools是由犹他大学昆兰实验室开发的基因组算法工具集，它堪称是基因组分析工具中的瑞士军刀。Bedtools可以对基因...

steamsn

《利用Python进行数据分析·第3版》新版上市[https://u.jd.com/W8xSkzl]，新版使用的是Pandas 1.4，更新了不少内容。为了帮助大家学习，这次...

steamsn

NA值处理 数据NA值查看 NA值处理 直接删掉含NA的那行 用某值将其替换掉，如0 通过探索相关性将NA值填补上 the k-nearest neighbours impu...

steamsn

在Y叔公号（biobabble）看到cowplot乃旧爱，patchwork是新欢[https://mp.weixin.qq.com/s/Y_uK2H7ketmFpJMvkN...

steamsn

ggpubr ggpubr专门为学术期刊绘图而生，据说是能画出editor最喜欢看的图。 1.安装和加载 由于这个包放在cran上，所以安装也方便，直接install.pac...

steamsn

简介 柱状图一般用于，当我们都有一组分类变量以及每个类别的定量值，而我们关注的主要重点是定量值的大小时。 应该在柱状图背景保留横网格线，便于比较我们关注的值。 当分类labe...

steamsn

统计检验：p值，p值指的碰巧是拒绝零假设机会。P值越大假阳性越低，同时真实结果也可能会剔除。 注： 基因表达分析的零假设是： 基因在不同处理下的表达量相同。对于基因芯片的数据...

steamsn

16. PCA图绘制 清除当前环境中的变量 设置工作目录 加载示例数据 使用prcomp函数进行PCA分析 使用基础plot函数绘制PCA图 使用ggplot2包绘制PCA图...

steamsn

1 简介 BCFtools 是一款多种实用工具的集合，它可以用于处理VCF文件和二进制的BCF文件。它可以接受VCF格式、压缩的VCF格式以及BCF格式，并能自动检测输入的格...

steamsn

导读 ggtree由R语言大神Y叔纸笔，于2018年发表在Molecular Biology and Evolution杂志上，现引用已达407（2019.10.10 goo...

steamsn

一、β多样性分析内容及意义 a) 样品间距离计算 Euclidean，Bray-Curtis，Unweighted_unifrac，weighted_unifrac，……，计...

steamsn

0 导语 再过不到一个月，就要高考了。考试固然重要，它检验的是努力，决定了起点的高度；报考更重要，它是方向，让考生从无限可能步入可能中的一种，决定了考生的未来。是啊，任你分数...