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    【群体遗传】Treemix四倍体分析 & 最优m值选择

    距离上一次写博客,已经是上一次了。 之前已经有生信菜鸟团前辈写过关于Treemix的分析,但值得关注的是,现在的软件大部分都只适用于二倍体,那今天介绍一下四倍体怎么进行Tre...

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    重测序分析(15)GWAS分析实操(1)gwas_emmax

    介绍如何使用SNP数据进行GWAS分析,软件选择为emmax和tassel。 软件选择 emmaxplinkqqmanCMplot 数据准备 vcf文件:all_snp.vc...

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    重测序分析(18)GWAS分析实操(4)gwas_tassel_mlm

    混合线性模型MLM:GLM模型中,如果两个表型差异很大,但群体本身还含有其他的遗传差异(如地域等),则那些与该表型无关的遗传差异也会影响到相关性。MLM模型可以把群体结构的影...

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    2022-12-14使用bedtools进行gwas基因注释

    GWAS分析中,找到显著性SNP,需要注释,才能找到候选的基因。 什么是注释呢?我们知道,GWAS的依据是snp与控制性状的基因处于LD状态,所以,我们才能推断显著性的SNP...

  • 各种文章中的关于有害突变的介绍及如何寻找及打分

    1.zhangle(大论文) 所有SNPs变异经由 ANNOVAR软件进行注释,首先,经由两步建立华南虎基因组注释用的数据库,使用软件自带的脚本,将基因组注释文件进行转化,参...

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    Paleobiodb & Timetree | 查找物种分化时间

    构分歧时间树的时候,找化石标定点,除了可以找文献,也可以参考这俩网站 一、paleobiodb古生物化石数据库 网址:https://www.paleobiodb.org/[...

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    kaks calculator批量计算多个基因的选择压力kaks值

    文章来源:http://www.cnblogs.com/chenwenyan/ 1 文件准备 首先准备两个文件,一个是基因的cds序列,一个是蛋白质序列。 cds序列和蛋白质...

  • Kaks_calculator计算ka/ks 值

    kaks_calculator可用来计算ka,ks值,后续可计算分化时间点等。 安装 安装ParaAT 在安装kaks_calculator 之前安装比对软件paraAT,该...