欢迎来GitHub上fork,一起进步: https://github.com/xuzhougeng 比对软件很多,首先大家去收集一下,因为我们是带大家入门,请统一用hisa...
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问题 Paired-End测序与Mate-Pair测序相对于单端测序有何优势? Paired-End中的Read1和Read2到底是啥关系?它们是如何参与拼接和比对的呢? M...
春节后的第一次写学习笔记,还是要提醒大家没事别聚集、别聚集、别聚集!重要的事情说三遍! 前几天看到公众号里写了GSEA的文章,虽然我之前跟着很多网上的教程走过一遍GSEA分析...
IGV软件有自带的基因组文件和注释文件,使用自带的还是方便一些。但是,其使用的注释文件和基因组文件可能与我们数据分析时的不一致,这时候我们可视化bigwig文件或者bam文件...
首先最重要的参考链接: [karyoploteR] https://bernatgel.github.io/karyoploter_tutorial/Examples/Enc...
效果图: 感觉就一个不好理解的参数:r0和r1r0:是起始的高度r1:是结束的高度r1-r0才是我们想要展示内容的高度(想象这个画布本身就有刻度线) 传入的增强子文件格式:前...
使用VennDiagram包绘制韦恩图 加载所需R包 绘制一维韦恩图 绘制二维韦恩图 绘制三维韦恩图 绘制四维韦恩图 绘制五维韦恩图
刘小泽写于19.6.8之前最开始学习IGV的时候写过两篇推文,当时简单做了了解,但有朋友说意犹未尽,嗯我也这么觉得,总觉得还是学的不够。推荐阅读:https://github...
翻译自:http://www.sthda.com/english/wiki/cox-proportional-hazards-model[http://www.sthda.c...
##R实现 library(survival) library(survminer) #for plot setwd("C:/Users/zhaox/Desktop/R_st...
刘小泽写于19.2.21或许这还是个比较常用的需求 我们做转录组分析,得到的结果可能是FPKM。但是FPKM确实存在不准确性,推荐使用TPM。 read count和FPKM...