本文转载自http://blog.sina.com.cn/s/blog_5eb2fefb0101gny0.html 1．准备序列文件 准备fasta格式序列文件（fasta格...
发简信
IP属地：浙江
本文转载自http://blog.sina.com.cn/s/blog_5eb2fefb0101gny0.html 1．准备序列文件 准备fasta格式序列文件（fasta格...
前言 对跨物种的RNA-seq进行标准化和差异分析已知是一个问题，而目前对此类问题的相关研究还比较少，有用RPKM进行各物种之间标准化的，也有基于count文件利用DESeq...
主流的NGS基因组组装软件都是先将序列划分成kmer, 然后基于de Bruijn Graph图论算法，得到组装好的序列。程序运行时，kmer字符串时存储在内存中，所以要求计...
最近Orthofinder2开始陆续更新，文章已经投发到biorkix上，在网上搜了一圈，关于Orthofinder的使用的中文教程几乎是空白的，这周就借此机会和大家一起来学...
关于基因组组装的流程可以参考我的简书://www.greatytc.com/p/e02ecd537c83 前面介绍了SOAPdenovo2的使用，但是由于结果整体不...
来源http://www.bio-info-trainee.com/3727.html生信菜鸟团[http://www.bio-info-trainee.com/3727.h...
一：准备文件 1.拟南芥转录本id2.拟南芥gtf文件(不是gff)3.绘图工具：Gene Structure Display Server 2.0 二.gff文件获取gtf...
原文：http://www.novogene.com/tech/suppor/gene-calss/comprehensive/1651.html Corset特点 无参考基...
本文就以生信小白的角度，简述bowtie2的下载、安装及使用。关于bowtie2的使用教程非常丰富，具体的概念本文不再赘述，只对操作过程进行简(xi)简(zhi)单(ru)单...
前提已经获得了trinity生成的.fasta文件(trinity_out_dir_all.Trinity.fasta) 在此，我们采用的是Trinity自带的脚本进行定量计...
前面三节，我们得到了Trinity拼接的Fasta 文件（Trinity.fasta)以及通过Bowtie2将Fastq中的Reads进行回贴到Trinity.fasta文件...
Trinity是广泛应用的不依赖基因组的转录组分析工具 我们在这一节中将采用Trinity在服务器端对第一节中获得的cleandata进行转录组拼接 在此过程中我们会涉及软件...
在Ensembl数据库中下载拟南芥参考基因 TAIR是研究拟南芥的首选数据库，其他数据库中拟南芥的基因组数据都是直接来自TAIR 这里选择Ensembl的原因是，感觉更加方便...
刘小泽写于18.10.24最近开始写第一篇英文小论文，练练手，为将来写英文大论文做准备 目录 1 背景 Background Types of biological netw...
在网上随意浏览的时候，无意间发现另一种可以构建调控网络的软件，叫做GENIE3。这是一个R包，直接在R里运行。这款R包基于你的表达矩阵来推测基因之间的调控关系。 虽然共表达网...
1.conda的下载以及环境的搭建 （1）conda的下载 可以去官网下载适合自己的版本，miniconda官网：https://conda.io/miniconda.htm...
