简介 scCustomize是一个单细胞转录组数据可视化的R包，里面集合了一些常用的数据可视化方法，可以与Seurat包进行很好的联用，支持Seurat，LIGER和SCE等...
IP属地：广西
简介 scCustomize是一个单细胞转录组数据可视化的R包，里面集合了一些常用的数据可视化方法，可以与Seurat包进行很好的联用，支持Seurat，LIGER和SCE等...
最近看到很多关于scType的推文，听说注释的效果还不错，对于我这种生物学背景薄弱的人来说简直是及时雨，特地学一下。scType相关文件下载地址：https://github...
单细胞富集分析系列： 单细胞之富集分析-1：单细胞GSEA分析流程[//www.greatytc.com/p/00f069cb239c] 单细胞之富集分析-2：批量...
官方推荐使用SRATOOLKIT，那义无反顾的就用它吧 准备篇 首先：打开官网 NCBI SRA Tool Kit下载最新的SRA版本软件，有四种平台软件可选。注意自己下的版...
自用学习 整合后的assay有两个 一个是RNA 有29738个基因，一个是integrated 有2000个基因 默认的assay（activate.assay）是aint...
关于单细胞气泡图的做法，我们写过很多很多，但是这些图基本上都是利用Seurat提取了数据，然后在ggplot2中完成的。因为Seurat包中的DotPlot函数的底层就是gg...
之前我们写过GO、KEGG的富集分析，,演示了差异基因KEGG或者GO的分析流程。其实差异基因的富集分析输入的文件只需要一组基因就可以了。所以我们发挥了专治懒病的优良传统，将...
背景介绍 最近，一位师兄问我有哪些输出单细胞大数据矩阵的方法，于是趁机整理了一下我平时遇到的保存单细胞矩阵的有关脚本，总共有四个方法，分别保存为csv.gz、loom、h5和...
0.文章 文章标题：Characterization of an endoplasmic reticulum stress‐related signature to eval...
DownRatio UpRatio 如何计算呢 谢谢
【R画图学习11.3】富集圈图---circlize这几年，我也陆陆续续在paper中看到一些环形的富集图，有时候也挺好的，今天我们也来学习一下画法，继续练习circlize的技巧。 这次，我找了一个经常做的GO富集的结果拿来...
真的行 谢谢
解决R中安装xml2报错方法本错误是在ubuntu20.04中安装devtools的时候发现的。其他linux版本可能有差异。 报错内容： mv: cannot move '/usr/local/lib...
本错误是在ubuntu20.04中安装devtools的时候发现的。其他linux版本可能有差异。 报错内容： mv: cannot move '/usr/local/lib...
老师好 interactions_groups.txt 文件从哪里产生的呢 新版结果文件里面好像没有 谢谢
ktplots（二）：个性化绘制通路信号联系前言 在ktplots包系列的前一期推文：ktplots（一）：绘制个性化气泡图[https://mp.weixin.qq.com/s?__biz=MzI4MjY5ODI1N...
官网上就有脚本
cellphoneDB呕心沥血下载安装教程我安装了一天之后快哭了，然后去100块买了个老师指导生信自学要么哭要么花钱，就是我这个垃圾1、安装https://github.com/ventolab/CellphoneD...
Error in go_enrich_tree(go_anno, go_deg_fc, padjust_method = "fdr", pvalue_cutoff = 0.5, :
could not find function "go_enrich_tree"
全解TOmicsVis完美应用于转录组可视化R包1. TOmicsVis R包简介 TOmicsVis v1.2.2Title: Transcriptomics VisualizationWebsite:https://b...
