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    Two-Way ANOVA

    前言 Two-Way ANOVA由于有两个自变量,在考虑两个变量单独对应变量影响的同时,还需要考虑交互作用 当ANOVA结果显示交互作用差异显著...

  • Pheatmap转ggplot2

    问题 pheatmap出的热图添加脚注、拼图等都非常麻烦 老的解决方案 由于pheatmap是基于grid画图的,因此可以用grid的语句添加注...

  • 使用DESeq2标准化之后的数据进行PCA、聚类等可视化

    DESeq2进行数据标准化的命令有多种 counts(dds, normalized=T) rlog、VST 两者的区别在于 前者 are “o...

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  • 【R】批量T检验

    注意事项 本代码适用于Student T检验,别的统计方法需要改代码 本代码中默认数据符合正态分布且方差齐,如果数据对这两项敏感,则需要提前检验...

  • 【R】不使用EXPORT包,导出图片到PPT

    最近EXPORT包从CRAN下架了。虽然还是可以下载到旧版本进行本地安装。但是在实际出图的时候很可能报错: 原因是EXPORT的依赖包RVG在更...

  • 标准化、归一化和数据转换

    高通量数据分析过程中常见的三个概念,非常容易混淆。 标准化 Data Scaling 为了使不同变量之间可以比较,例如 转录组中有些基因本身表达...

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    【R】批量完成Oneway ANOVA,并以Mean±SD格式(带差异标记)导出到EXCEL

    批量完成Oneway ANOVA之前其实就写过,但是老的代码对刚入门R语言的人可能还是不太友好,因此又修改了一版。这一版的代码可以说即使不懂R语...

  • 用ggplot2画Pathway气泡图

    成品图 横坐标为pathway impact 纵坐标为pathway名称。这里是我瞎编的 气泡的颜色代表p值 气泡的大小代表富集到的代谢物数量。...

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    用ggplot2画代谢集富集分析(MSEA)图

    MSEA 什么是MSEA MSEA,Metabolite Set Enrichment Analysis,代谢集富集分析,是代谢组数据分析方法的...

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