IP属地：北京
一、在跑cellranger的过程中出了个问题。要琢磨一下怎么回事。 报错：sequence and quality length mismat...
10X文库送测序后，从测序公司拿到的测序数据是fastq格式的，要经过linux上跑cellranger程序，得到表达矩阵，才能做后面的功能分析...
学习及参考教程：https://mp.weixin.qq.com/s/uLt-bYCdVcBH6mqoIG_r6w[https://mp.wei...
接着day51，继续作图： 说明先设置pvalue和logFC的阈值根据阈值分别为上调基因设置‘up’，下调基因设置‘Down’，无差异设置‘N...
对day49，day50两次学习的总结。拿到reads表达矩阵后，在自己电脑上用DESeq2这个R包进行数据分析。 一、先要准备表达矩阵和分组表...
接着day49 一、看看整体表达情况 原始矩阵为变量exprSet，是从txt文件读入得到的数据框归一化后矩阵为变量exprSet_new，用D...
学习资料：B站视频：生物技能树 第八季转录组测序数据分析得到表达矩阵之后就要考虑如何知道到差异表达基因（DEG），这个要在R中操作，具体是需要a...
转录组分析要用比对后的bam或sam文件进行后续计数。也就是对基因/转录本的区域上比对到的reads进行计数。最后算出来某个转录本或者外显子上比...
学习资料：B站视频：生物技能树 第八季转录组测序数据分析 一、转录组比对常用软件 转录组比对常用：hisat2、subjunct（subread...