请问有小鼠的肿瘤免疫浸润基因集吗？
干货分享|使用ssGSEA分析肿瘤浸润免疫细胞上次的干货分享我们给大家介绍的是如何利用TIDE预测肿瘤免疫逃逸（推文链接），本期推文更加重磅，我们将给大家详细讲解生信文章免疫分析必做的——肿瘤浸润免疫细胞。 在学习肿瘤浸...
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请问有小鼠的肿瘤免疫浸润基因集吗？
干货分享|使用ssGSEA分析肿瘤浸润免疫细胞上次的干货分享我们给大家介绍的是如何利用TIDE预测肿瘤免疫逃逸（推文链接），本期推文更加重磅，我们将给大家详细讲解生信文章免疫分析必做的——肿瘤浸润免疫细胞。 在学习肿瘤浸...
scHLAcount允许我们使用个性化的参考基因组计算HLA I类基因HLA-A、B和C的单细胞转录组序列数据中的分子数；和HLA II类基因DPA1, DPB1, DRA1...
请问这款软件可以做BD Rhapsody单细胞转录组的HLA分型分析吗
scHLAcount || 单细胞转录组HLA等位基因分析scHLAcount允许我们使用个性化的参考基因组计算HLA I类基因HLA-A、B和C的单细胞转录组序列数据中的分子数；和HLA II类基因DPA1, DPB1, DRA...
请问这个工具可以做BD Rhasody的HLA分型分析吗
单细胞HLA分型工具 scHLAcountscHLAcount允许我们使用个性化的参考基因组计算HLA I类基因HLA-A、B和C的单细胞转录组序列数据中的分子数；和HLA II类基因DPA1, DPB1, DRA1...
@5dfe154afb28 请问你解决了吗？我现在也是有两套数据集，其中一套只提供了标准化之后的矩阵，另一套数据是原始counts，但我想比较两套数据集中某些基因的表达水平高低，请问可以比较吗？
单细胞测序-scRNA-seq数据的标准化处理我们都知道，从数据质控开始已经进入了scRNA分析阶段，在这个阶段开始测试代码，进行实操是很重要的。测试过程中出现的各种问题可能成为你学习路上的拦路虎。作图丫为大家总结单细胞...
@Chen_7867 您好，我遇到了同样的问题，请问您解决这个问题了吗？
（二）单细胞转录组数据分析之数据质控与归一化如果大家没有自己的数据或者没有选到合适的数据集的话，可以直接拿示例数据（10X官网演示数据）就行了。10X官网里多个演示数据：https://support.10xgenom...
您好，我在启用交互式的SpatialDimPlot圈定特定区域的细胞时，右上角并没有显示缩放裁剪等工具，所以没办法选中特定区域只能看单独的spot，请问这是什么原因呢？是shiny或者rstudio的问题吗？我使用了Seurat v5和shiny v1.8.0
Seurat 新版教程：分析空间转录组数据随着转录组技术的发展，空间转录组已经正式走向商业化时代，作为单细胞数据分析的工具箱的Seurat与时俱进，也相应地开发了空间转录组分析的一套函数，让我们跟随卑微小王看看Seu...
您好，我在启用交互式的SpatialDimPlot圈定特定区域的细胞时，右上角并没有显示缩放裁剪等工具，所以没办法选中特定区域只能看单独的spot，请问这是什么原因呢？是shiny的问题吗
【10X空间转录组Visium】（六）新版Seurat v3.2分析Visium空间转录组结果的代码实操旧号无故被封，小号再发一次 更多空间转录组文章： 1. 新版10X Visium 【10X空间转录组Visium】（一）Space Ranger 1.0.0(更新于20191...
1、下载GSE115850数据 2、读取数据且处理数据，数据格式是这样的： 接下来是要把行名改成基因名，又因为行名只能是唯一的不能有重复，所以要把多个Ensembl对应的同一...
批次效应（batch effect），表示样品在不同批次中处理和测量产生的与试验期间记录的任何生物变异无关的技术差异。其既可能来自实验，也可能是来自分析流程。实验中样品收集、...
批次效应 批次效应是测量结果中的一部分，它们因为实验条件的不同而具有不同的表现形式，并且与我们研究的变量没有关系。不同平台的数据，同一平台的不同时期的数据，同一个样品不同试剂...
请问可以用log2（TPM+1）进行批次矫正分析吗
sva ComBat去除GEO数据批次效应批次效应 批次效应是测量结果中的一部分，它们因为实验条件的不同而具有不同的表现形式，并且与我们研究的变量没有关系。不同平台的数据，同一平台的不同时期的数据，同一个样品不同试剂...
从per base sequence content的结果来看是5‘端有接头，请问为什么没有进行切除接头的分析呢？这样对后续分析会有影响吗？
测序数据进行质控 2023-03-16原先就想仔细研究一下fastqc和fastp的质控报告，对比一下到底有多大区别。正好现在对一个公开数据进行质控，还正好发现质控前后有明显的指标变化。（SRR5809347）首...
你好，我的reads在质控之前都是150bp，遇到了和您一样的质控不过关的情况，于是我也去除了3’端12个bp的序列以及去除重复序列，之后reads的长度不做要求的话，长度变成在1-135bp之间了，请问这种情况是为什么呀，过短的序列对后续分析有影响吗？
转录组质控质控过滤软件有cutadapte trimmomatic trim_galore fastp 等，在选择对数据处理的软件时，要根据质控结果选择最优的。 刚开始对转录组原始数据...
Palantir是一种对单细胞测序数据进行分化发育轨迹推断的算法，于2019年发表在Nature Biotechnology上。Palantir将细胞分化模拟为一个随机的过程...
今天给大家分享一个用于拟时分析的软件Palantir，当然，目前拟时分析的软件已经有很多了，至于哪个适合于你，就要看你的目的和结果是否符合你的预期了。Palantir是202...
