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很多时候遇到的数据均为表达谱数据，所以基因数量很多，需要用lasso回归来筛选变量。一般都是使用R来实现，下述代码为筛选变量与筛选出来的变量做ROC曲线 有很多时候需要得到一...
1.什么是蛋白互作？ 在转录调控相关的文献中，我们经常能够看到这样的蛋白质相互作用网络（proteinprotein interaction network，PPInetwo...
目标二：数据预处理，探针ID转换，探针去重1、数据预处理自动log2化，解释 以上代码在GEO官网可查。 2、探针基因名转换platformMap.txt中有常见的平台各R注...
目标一：下载GEO数据，以GSE42872为例方法一：通过加装GEOquery包，使用getGEO函数可以得到对应GEO好的表达矩阵，注释信息，样本信息等。 此步骤Run后下...
几乎每个做分子水平研究的老师，都会做分子机制，找到一个重要分子，研究其上下游调控机制。那么如何找到这个重要分子，如何找到该分子上下游的关联分子呢？可以做各种细胞，动物实验。本...
一.对于芯片数据： GEO中的Series Matrix File(s)通常是经过了标准化和对数转换的数据，但是不是所有的都是 具体判断方法： 表达量是否需要重新标准化： 可...
一，对GEO的简单介绍，下载数据 个人认为，对GEO那些复杂的介绍，我是根本记不住。所以我挑选了一些必须用到，容易记住和理解的知识给大家。 一：首先是对GSE，GSM , 和...
文章，重在研究思路。有好的思路，才能有精彩的故事。很多时候，我们想找一个好点子，比如性状，疾病相关的关键分子，需要设计实验，做大量的分子筛选的工作，对于土豪实验室可以可以大把...
近年来，很多SCI高分文章中都使用了WGCNA，那么WGCNA是什么，它可以应用于哪些研究方向，又如何进行WGCNA分析，其分析结果如何看？现在就带着这些问题，跟着小易...
WGCNA是一种从大量数据中挖掘module的算法，而这些module所包含的gene为一组表达模式类似或这说表达谱相似的基因，也就是相关或不相关。而正相关还是负相关可以由W...
WGCNA的理论背景知识[//www.greatytc.com/p/e102681ec979]WGCNA的详细分析流程[https://www.jianshu.co...
