16SrRNA 基因通常作为分子标记进行微生物群落结构的研究,但是它有一些明显的限制,比如16S rRNA基因在物种中会有多个拷贝,而且,由于16S rRNA基因的进化速率较...
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生物信息学分析和作图是科研狗们的必备技能。近几年,随着数据类型的增多,excel、SPSS等常用软件已经不能满足科研需求了。R语言以其方便、快捷的优势,迅速获得许多编程技术不...
寻找同源蛋白家族用的比较多的是Orthomcl,但是该软件多年前已经停止更新,且使用的时候需要安装和使用MySQL,操作起来比较繁琐。因此OrthoFinder应运而...
一、 序列数据的下载 在开始了解序列的处理流程时,我们先要知道序列下载网址。其中一个知名的网站就是NCBI (National Center for Biotechnolog...
0. 问题导入 之前绘图的时候,我经常会去RGB颜色对照表[https://tool.oschina.net/commons?type=3]上手动去摘选颜色码,然后手动粘到g...
近日,因宿舍小赵同学看文章,看到一张关于相关性分析结果可视化的图表,并对其表达含义表示了百思不得其解,于是在我们的男神428宿舍引发了一波生信小热潮。可能对于大佬们来说这是很...
之前我们用热图的形式展现了相关关系,今天我们来用另外几种形式来展现相关关系的图。本文代码来源:Visualize correlation matrix using corre...
导读 宏基因组分析分为物种分析和功能分析两大块。物种组成分析是物种分析中最基本最常见的分析方法。利用R语言堆叠图,我们可以将一个项目中所有样品的物种组成展示出来。下面介绍如何...
导读 多样性分析是16S测序分析中常见的分析方法。本文旨在向初学者介绍多样性分析中alpha多样性和beta多样性的由来、概念、计算,以及展示“如何用R语言实现alpha多样...