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一、4Dtv（四倍简并位点颠换率）的定义 4DTV stands for four-fold synonymous (degenerative) third-codon tr...
老师，请教一下，亲本的参考基因组，是父本和母本的都需要吗？我看您在比对时用的是CE10g_v2.0这套基因组，但是提取SNP时用的是Mparg_v2.0.fa这套基因组，他们分别是父本和母本的基因组吗
ASE（等位基因特异性表达） —— 完整流程前段时间，接了老师一个等位基因特异性表达的任务，前后再加上其他的分析带着做，再捋流程，拖拖拉拉也用了小一个月，终于从原始测序数据，得到了最终的那张table，具体的内容基本已...
今天分享一篇文献，来自去年12月张亮生团队发表在nature上的一篇文章：The water lily genome and the early evolution of f...
最近刚返校，事情比较多，每天也很忙，之前写的《基因家族扩张与收缩分析及物种进化树构建（上）》也一直没来得及更新，缺少cafe输出结果的解读及后面的可视化。最近在简书上也收到了...
一、测序数据的准备 新建工作目录，RNASeq-analysis mkdirRNASeq-analysiscdRNASeq-analysis/ 新建data文件夹； mkdi...
尽管目前已测序的物种已经很多了，但是对于一些动辄几个G的复杂基因组，还没有某个课题组有那么大的经费去测序，所以仍旧缺少高质量的完整基因组，那么这个时候一个高质量的转录组还是能...
刚接触Python的时候，简单的异常处理已经可以帮助我们解决大多数问题，但是随着逐渐地深入，我们会发现有很多情况下简单的异常处理已经无法解决问题了，如下代码，单纯的打印异常所...
