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菜鸟终于做到生存分析了。 首先准备好你的数据，数据最重要的两大要点：1要有生存时间time2要有事件的状态 截尾or死亡 看一下我准备的数据 head(d)ID time s...
目的：下载GSE19826、GSE33335、GSE56807、GSE63089这四个GSE数据集，分别在每个数据集里求出差异表达基因，最后用RobustRankAggreg...
一.对于芯片数据： GEO中的Series Matrix File(s)通常是经过了标准化和对数转换的数据，但是不是所有的都是 具体判断方法： 表达量是否需要重新标准化： 可...
韦恩图是用来展示不同组数据间交集和差异的一种可视化方法。比如我们有三组数据，分别是A，B，C。A里的数据是1,2,3。B里的数据是2,3,4。C里的数据是3,4,5,。那么A...
在使用Bioconductor 分析芯片数据（一）中我们使用的是芯片的原始数据（即*.cel文件）进行分析，但在大部分情况下我们是可以利用GEO数据库中已有的表达矩阵来进行数...
今天听了一节关于GEO数据库的课，GEO是什么，又是一头雾水，强迫基因受环境影响出现短暂的表达，赶紧搜索了解下，GEO（Gene Expression Omnibus dat...
这是我听B站鲮鱼不会飞视频（GO，KEGG，DO富集分析）里的笔记哦~当然有的地方加上的是我自己的理解，如果哪里和视频上讲的不一样那是我自己发挥的，自行忽略.... 市面上公...
1. 三个数据集差异基因火山图（每10个肿瘤和正常组织样本） 导入表达矩阵，选择NT组的前10和TP组的前10个样本进行差异分析 绘制第一个火山图 选择NT组的11-20和T...
基因表达 什么是基因表达，如下是来自于维基百科的解释： 研究方法 定量PCR 这部分我不太懂，所以就放几段百度百科和维基百科的定义。 百度百科 定量PCR（即时聚合酶链锁反应...
数据的标准化 在数据分析之前，我们通常需要先将数据标准化（normalization），利用标准化后的数据进行数据分析。数据标准化也就是统计数据的指数化。数据标准化处理主...
