单细胞富集分析系列： 单细胞之富集分析-1：单细胞GSEA分析流程[//www.greatytc.com/p/00f069cb239c] 单细胞之富集分析-2：批量...
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平时对于网络图的绘制，一般我们都会在R中生成边和点列表后导入到Cytoscape和Gephi等的本地工具软件当中，而R语言中也自带有不少优秀的包也可精美的可视化我们的数据，所...
如题，这个标题有点长，首先我们需要展示的图是bipartite plot，中文有叫二分图、连线图的，总之就是展示两组之间网络关系。可以应用的地方有很多，不只是我们介绍的互作关...
常用的细胞通讯软件：CellphoneDB[//www.greatytc.com/p/38a9376f5286]：是公开的人工校正的，储存受体、配体以及两种相互作用...
运行SCENIC参考文献[https://mp.weixin.qq.com/s/QRXYjYl3YqoCTkeXBvXEuw]Cytoscape视频教程[https://mp...
为什么每次打开Xshell终端，都要source一下.bashrc? 为了弄明白这个问题，首先，我们需要搞明白Linux启动时读取配置文件的顺序。在刚登录Linux时，首先启...
对SCCAF的基本介绍[https://mp.weixin.qq.com/s/AnhKvVlr_2uzEz2jY_nNbA] 单细胞聚类评估框架（Single-Cell Cl...
在非监督的单细胞数据分析中，给定细胞cluster的均一性往往是不清楚的，也就是说我们并不知道分出的一个cluster中是否是一种细胞，还是依然包含了多种细胞。因此有人提出了...
我们拿到的观测数据常常是有缺失值的，有时候基于数据分布是可以预测缺失值。有时候却是不能，比如缺失值太多，数据量太小。因此，计算相关性时需要考虑到缺失值的使用。在R中的基础函数...
2020.09.09 本教程介绍了Scanpy包自带的用于整合样本，并处理批次效应的BBKNN算法和用于对比的ingest基础算法。本文主要从函数的理解、软件包的使用和结果的...
我们单位有个同事，两年前辞职了 这两年前来不停地在换赛道，昨天听到另一同事说，今年投的项目又黄了，上个月彻底结束了 他们在国庆聚餐碰面，离职同事又看到了一个新项目，正请教这个...
你看这个人有点“飘”，当你听到这样的话时，你的看法多半是，这个人有点得意和骄傲了。 但还有一种“飘”的表现形式是，放弃努力，不思进取，觉得现状很好，躺平的心态也叫“飘”。 用...
适用背景 在单细胞分析中，必要的一步是对每个细胞进行注释，这相当于给每个细胞打个标签，或者说起个别名，这些信息都存在@meta.data信息里，所以不用特意去更改细胞名字，S...
做可变剪切分析时，会依次进行基因水平和转录本水平的差异分析，最后通常需要进行ENSEMBL ID和 transcript ID (ENSEMBLTRANS)以及gene sy...
在进行组装和比对过程中，要将测序ID替换成物种学名，一个一个替换太慢了，发现seqkit有这个功能。 seqkit replace --ignore-case --kv-fi...
SeuratData SeuratData是一种使用R的内部软件包和数据管理系统以Seurat对象形式分发数据集的机制。它为用户提供了一种访问Seurat小插曲中使用的数据集...
