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  • @模拟书匠X 👍👍

    SAM格式详细说明

    SAM (Sequence Alignment/Map) 是存储RNA-seq比对结果的格式。BWA、Bowtie/Bowtie2、HISAT/HISAT2、Tophat等均...

  • @模拟书匠X 好的,现在市场上基因测序数据量与日俱增,数据比对和分析的速度成了一个大问题,对数据处理速度这方面需求空间很大,前景应该不错。

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  • 120
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  • ”第五列:Mapping quality,比对的质量分数,越高说明该read比对到参考基因组上的位置越唯一;“
    这句不对,这个质量就是 fastq 文件中的碱基质量(fastq 文件的第四行),是说明测序仪器测序得到的碱基准确度,表示的是碱基的错误概率的对数值,和比对到参考基因上位置唯一不唯一无关,且比对使用的是 Smith-Waterman 算法,本身就可能存在两个或两个以上的匹配路径,如:
    A-GCG
    ACGC-

    AGCG-
    A-CGC

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