在R语言中运行Cibersort共需要三个文件,分别是(1)官方提供的22种细胞基因集“LM22.txt”;(2)自己的表达矩阵;(3)Cibersort代码。 (1)LM2...
肿瘤微环境是近年来的研究热点。复杂而动态的微环境中,肿瘤细胞与浸润性免疫细胞、基质细胞等相互作用,这在促进或抑制肿瘤生长、侵袭、转移以及对病人临床预后方面可能具有多方面的影响...
做通路富集分析常需要批量进行基因ID转换,总结了3种简便方法与大家分享。方法1和2依赖于基因组注释R包,如果无相应物种R包就必须用方法3。好在的是常用物种人、小鼠、大鼠等都是...
for循环批量生存分析出图尝试一下怎么批量生成图片,不过有点小bug还未解决。 survfit估计生存率 用survminer包画生存曲线 最终结果
今天是各类统计方法R语言实现的第13期,我们主要介绍R语言统计系列第13篇-K-M生存曲线与logrank检验。 ### 生存分析 生存分析是将事件的结果和出现这一结果经历的...
偶然发现了这个神奇的网站(https://depmap.org/portal/),对于实验狗的我而言,想想以前走的各种弯路,顿感相见恨晚啊!废话少叙,直接来看看这个DepM...
TCGA数据库中含有的癌症名称,简写和中文名称 Abbr英文名称中文名称ACCAdrenocortical carcinoma肾上腺皮质癌BLCABladder Urothe...
简介:风险因子关联图常见于cox风险比例模型,常见于下图这种三图联合的展示形式,展示的是由cox风险模型区分出的高风险和低风险人群在人群比例、生存时间(生/死)和关注的基因表...
作者:白介素2相关阅读:[R语言生存分析03-Cox比例风险模型]R语言生存分析-02-ggforestR语言生存分析-01ggpubr-专为学术绘图而生(二)ggstats...
列线图简介 列线图(Alignment Diagram),又称诺莫图(Nomogram图),它是建立在多因素回归分析的基础上,将多个预测指标进行整合,然后采用带有刻度的线段,...
原理 Ridge Regression,Lasso Regression和Elastic-Net Regression都是通过增加一个惩罚项让模型less sensitive...
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WGCNA分析,简单全面的最新教程本文应该是第二全的WGCNA分析教程,参考了最新的文档。第一全的还在路上,会出现于生信宝典和宏基因组公众号组织的二代三代转录组测序分析实战班上,欢迎点击链接了解更多。 WGC...