导读 在肿瘤相关研究中，一张精美的生存分析图，已经成了肿瘤研究高分文章的标配。好的临床预后效果，往往在一定程度上决定了文章发表的层次。然而对刚刚拿到一个新基因的新手来说，生存...
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导读 在肿瘤相关研究中，一张精美的生存分析图，已经成了肿瘤研究高分文章的标配。好的临床预后效果，往往在一定程度上决定了文章发表的层次。然而对刚刚拿到一个新基因的新手来说，生存...
虚拟机内部的网络经常会中断并且无法连接，重启了vmware和虚拟机都不管用，但是重启主机会恢复后来发现不需要重启主机，方法：搜索“services.msc”，然后以管理员身份...
写在前面 最近遇到一个大名鼎鼎的包叫Scanpy，用于单细胞测序的分析，不过需要在Python中运行。🫠于是，我就研究了一下如何在Rstudio中调用这个神包。 👀 这里和大...
1. 数据下载 在读Single-Cell Reconstruction of Progression Trajectory Reveals Intervention Pri...
适用背景 之前写了一篇文章介绍四步完成单细胞数据调控网络流程分析[//www.greatytc.com/p/71ed43163ce1]，但生成的结果没有进行可视化，...
前言 默认风格的 chordDiagram() 已经可以满足大部分需求了，下面我们介绍一些更高级别的图形配置 使用 1. 轨迹的排布 chordDiagram() 函数默认会...
本节概览：1.GSVA简单介绍2.基因集的下载读取: 手动与msigdbr包下载3.GSVA的运行4.limma差异分析5.GSVA结果可视化：热图、火山图、发散条形图/柱形...
1. Kaplan-Meier生存分析 Kaplan Meier是一种单因素生存分析，它可用于研究1个因素对于生存时间的影响。参考：生存分析之Kaplan-Meier曲线都告...
轨迹推断/分析是研究细胞动力学的重要方法，它是单细胞研究应用中一种常见的手段。目前已经开发出了大量的轨迹分析算法，最常用是monocle系列（前面我们介绍的也有），这些算法都...
要在GPU上使用Python运行Keras中的LSTM算法，你需要确保几个关键的组件已经正确安装和配置在你的环境中。这包括安装支持GPU的TensorFlow版本（Keras...
假如有 3 个基因列表存储在 R 的向量，此时 intersect(intersect(A, B), C) 可以取三者交集；假如 10 个基因列表呢？ 9 层嵌套 inter...
可选模型： 机器学习模型 随机森林（Random Forest） - 一个经典的集成学习模型，适用于处理高维数据，能够处理单细胞表达数据的复杂性。 支持向量机（Support...
R可视化相关性矩阵的几种方案 R中相关性矩阵的可视化解决方法在已经有很多了，我们在这里总结一些常用的都有哪些： ggplot2包 corrplot包 热图包(pheatmap...
seurat发展历史，cns之路 在单细胞数据分析中，特别是对初学者来说，Seurat是一个教科书级别的工具。至于这个用来分析单细胞多组学的工具为什么叫这个名字，我想，与它问...
本文为在新建立的docker中配置github仓库的流程。首先保证系统中已经安装了git。 1. 账户配置 之后一路enter下去，生成密钥。进入wrj_rstudio的家目...
简介 交互式绘图工具, 提供python, R, js接口, 以R接口为例 api类似, 需要注意在参数中涉及子项的在R中使用列表, 在python中使用字典 支持管道符操作...
3dscatter 1.ggplot2画三维点图 很轻松找到了R包，然鹅不是很完美的样子。 2.scatterplot3d 一个不属于ggplot2体系的特立独行的R包，画起...
安装所需要的R包 加载所需的R包，并将默认主题设置为theme_bw()，并将图例放在图的顶部 创建一些基本图像： patchwork包水平拼接 垂直布局可以通过向plot_...
如果只学习而不练习，那么你就会一种自己好像会了的错觉。为了打破这种错觉，你就需要实际的去练习，在实践中应用你学习的知识。 先要明确自己的要干什么： 应用能够接受用户上传的差异...
0. 使用ssh作为中转站，在外网登录内网服务器： 例如：外网穿透之后的服务器ip为：ip-外，port为：port-外；服务器登录名为：用户名。需要转发的端口为shiny-...