写在开头：在表观遗传学领域，染色质免疫沉淀（ChIP）是研究蛋白质（转录因子、组蛋白修饰等）与染色质相互作用的传统方法，可以分析特定蛋白在整个基因组上的分布情况。但是由于Ch...
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写在开头：在表观遗传学领域，染色质免疫沉淀（ChIP）是研究蛋白质（转录因子、组蛋白修饰等）与染色质相互作用的传统方法，可以分析特定蛋白在整个基因组上的分布情况。但是由于Ch...
最近在看差异分析当中原始read counts是如何被校正的，自然就不会放过差异分析的经典之一 —— edgeR. edgeR使用的校正方法称为trimmed mean of...
在群里看到了一个问题，他用R语言的转置函数t()对下面形式的数据进行了转置 转置之后的数据结构如下 他发现转置之后多了一行，也就是有了geneid这一行，和他预期的不符合。按...
循环神经网络（Recurrent Neural Networks） 人对一个问题的思考不会完全从头开始。比如你在阅读本片文章的时，你会根据之前理解过的信息来理解下面看到的文字...
归纳几篇eQTL相关文章。 1.转自https://www.cnblogs.com/Acceptyly/p/3904108.html 首先QTL是数量性状位点，比如身高是一个...
首先需要思考下Python中的字典是个什么东西：它是一个键值对序列。 R里面到底有没有类似的东西呢？肯定是有的，虽然没有字典的概念，但R里面的的确确存在字典的实现。 这个要介...
ggsci是ggplot的主题包，它提供一系列高质量的调色板，其灵感来自于科学期刊、数据可视化库、科幻电影和电视节目中使用的颜色。ggsci中的调色板可以作为ggplot2s...
回顾 首先对基因表达分析（上）做一个简单的回顾 研究基因表达的有如下工具：RNA-Seq，microarray， qRT-PCR等（欢迎补充） RNA-Seq，microar...
clusterProfiler 是业界大神Y叔写的一个R包，可以用来做各种富集分析，如GO、KEGG、DO（Disease Ontology analysis）、Reacto...
首先是方法的选择。基于距离的方法有UPGMA、ME（Minimum Evolution，最小进化法）和NJ（Neighbor-Joining，邻接法）等。其他的几种方法包括M...
ballgown是一个差异表达分析RNA-Seq数据的R包 对数据的要求： 1. RNA-Seqreads应已比对到参考基因组上。 2.转录组应已经组装或下载参考转录组。 3...
基因表达 什么是基因表达，如下是来自于维基百科的解释： 研究方法 定量PCR 这部分我不太懂，所以就放几段百度百科和维基百科的定义。 百度百科 定量PCR（即时聚合酶链锁反应...
情景 曾经有一同事问我，在linux下如何输出一个文本文件的第二列，文本内容不限。我不假思索地说用awk啊。她追问只有这一种方式么？于是我仔细想了想，…… 分析 既然内容不限...
tags： fastq clumpify linux pigz axel Ctrl+R 子曰：“工欲善其事，必先利其器。” 多线程超快速压缩工具 pigz pigz 是 li...
