@D_K Matrix包升到 1.5-3版本试试
irGSEA:基于秩次的单细胞基因集富集分析整合框架(修订版)一、背景 许多Functional Class Scoring (FCS)方法,如GSEA, GSVA,PLAGE, addModuleScore, SCSE, Vision...
@D_K Matrix包升到 1.5-3版本试试
irGSEA:基于秩次的单细胞基因集富集分析整合框架(修订版)一、背景 许多Functional Class Scoring (FCS)方法,如GSEA, GSVA,PLAGE, addModuleScore, SCSE, Vision...
Matrix包和Seurat包版本没有匹配上。你的Matrix包和Seurat包的版本分别是多少?
irGSEA:基于秩次的单细胞基因集富集分析整合框架(修订版)一、背景 许多Functional Class Scoring (FCS)方法,如GSEA, GSVA,PLAGE, addModuleScore, SCSE, Vision...
一、背景 许多Functional Class Scoring (FCS)方法,如GSEA, GSVA,PLAGE, addModuleScore, SCSE, Vision...
这个错误的原因是因为AUCell包更新了,在运行AUCell_buildRankings函数时,需要将参数splitByBlocks设置为T。我更新了irGSEA包,解决了这个问题,你可以重新安装irGSEA包解决这个问题(devtools::install_github("chuiqin/irGSEA"))。但如果你不想更新irGSEA包的话,可以将AUCell包的版本降到1.14.0,也可以解决这个问题。
irGSEA:基于秩次的单细胞基因集富集分析整合框架(中文教程)一、背景 在单细胞转录组测序中,整合多样本数据进行分析逐渐成为一种趋势。越来越多的研究者趋于使用未校正批次效应后的数据进行差异基因分析。他们认为,校正批次效应后的数据,会掩盖...
一、背景 在单细胞转录组测序中,整合多样本数据进行分析逐渐成为一种趋势。越来越多的研究者趋于使用未校正批次效应后的数据进行差异基因分析。他们认为,校正批次效应后的数据,会掩盖...