上一期,给大家介绍了SnpEff注释数据库。这一期着重介绍SnpEff的命令,最后一期介绍注释结果解析 准备文件已经注释好的物种SnpEff注释库- GRCh37.100 (...
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SnpEff是一款注释变异位点(SNP+InDel+MNP)和预测变异对基因的影响(例如氨基酸变化)的工具。 用法: 输入文件:输入是变异位点(SNP,插入,缺失和MNP)的...
什么是火山图? 火山图其实是一种很形象的叫法,它可以通过关注对象的落点从而直观地展示该对象的所属区域。其通常用于展示差异结果,比如RNA-seq差异基因展示。读懂了“火山”火...
热图 热图概念:热图是一个以颜色变化来显示数据的矩阵,可以简单地聚合大量数据,并使用一种渐进的色带直观地展现空间数据的相对大小。 热图在生物学中的应用:生物学中热图经常用于展...
1. 非模式生物 非模式生物需要提前从AnnotationHub抓取目标物种的OrgDb数据库,这个库里包括Uniport,ENSEMBL,ENTREZID,REFSEQ,G...