在RNA-seq的分析中，需要对基因或者转录本的read counts数进行标准化过程。因为落在一个基因区域内的read counts取决于基因长度和测序深度。当基因长度越长...
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在RNA-seq的分析中，需要对基因或者转录本的read counts数进行标准化过程。因为落在一个基因区域内的read counts取决于基因长度和测序深度。当基因长度越长...
从TCGA数据库中下载数据的方法有多种，常用的方法有：1.从TCGA官网直接下载（数据量小的话可行，数据量太大就pass）2.用TCGA官方工具gdc-client下载3.用...
富集分析：GO、KEGG id转换：bitr() 输入数据：差异基因的entrezid；所有基因的entrezid KEGG GO 处理GEO数据 代码分析流程 *探针注释：...
GEO数据挖掘 图表介绍 1.热图 ·输入数据是数值型矩阵\数据框·颜色的变化表示熟知的大小 2.散点图和箱线图 箱线图：输入数据是一个数值型向量和一个字符串向量（重复值）箱...
tidyr 核心函数 一、数据清理 扁变长(gather-spread) 长变扁 二、分割和合并(separate-unite) 分割 合并 三、处理NA 去掉含有NA的行,...
R语言作图 低级绘图函数建立在高级绘图函数基础上，不能单独使用 ggplot2语法 1.入门级绘图模板2.映射-颜色、大小、透明度、形状3.分面4.几何对象5.统计变换6.位...
函数 函数与参数 (1)形式参数与实际参数 (2)写函数的函数 function(){ } (3)默认参数：作者会设计很多参数，但只有前1~n个是必须填的，其他的参数都有默认...
数据结构 Vector向量—一维 Matrix矩阵—二维 矩阵：长度相同、数据类型相同；数据框：长度相同、数据类型可以不相同 List列表 列表：长度可以不同、数据类型可以不...
对单个向量进行的操作 （1）赋值给一个变量名，用“=”或“<-” （2）简单数学计算 （3）根据某条件进行判断，生成逻辑值向量 （4）初级统计 对两个向量进行的操作 （1）逻...
通过学习生信技能树的课程，使我受益匪浅，为了更好的理解生信技能树小洁老师的讲解，我开始陆续上传课堂笔记，以便将来查找使用。 R与Rstudio 1.在Rstudio中新建项目...
