袁吉贵

请问单个群体做tajima和pi做选择分析的文献有吗？我没看到，求助

pi分析

单个群体的基因组选择信号分析(pi分析) Pi值 Tajima D; Pi主要用来衡量每个site的nucleotide divergency.（π） test.vcf为输入...

超级宇航员

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袁吉贵

proj后边二倍体都要写个体数的2倍（20,16那里）吗？，什么时候是写个体数量，

种群动态历史评估方法之 SFS（Site/Allele Frequency Spectrum）

SFS的基本理解、介绍的一篇文章：https://theg-cat.com/tag/joint-sfs/[https://theg-cat.com/tag/joint-sfs...

杨康chin

17755 32 31

袁吉贵

我的sfs计算出来数值差不多都是3.5左右，正常吗？别人都是几千的。另外，SFS计算出来的默认是Folded的sfs吧？我最后的plot竟然年份是0.02，难道可以精确到近几十年？

种群动态历史评估方法之 SFS（Site/Allele Frequency Spectrum）

SFS的基本理解、介绍的一篇文章：https://theg-cat.com/tag/joint-sfs/[https://theg-cat.com/tag/joint-sfs...

杨康chin

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袁吉贵

这是说去掉第一个数值吗？

种群动态历史评估方法之 SFS（Site/Allele Frequency Spectrum）

SFS的基本理解、介绍的一篇文章：https://theg-cat.com/tag/joint-sfs/[https://theg-cat.com/tag/joint-sfs...

杨康chin

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袁吉贵

@杨康chin 这是说去掉第一个数值吗？

种群动态历史评估方法之 SFS（Site/Allele Frequency Spectrum）

SFS的基本理解、介绍的一篇文章：https://theg-cat.com/tag/joint-sfs/[https://theg-cat.com/tag/joint-sfs...

杨康chin

17755 32 31

袁吉贵

library("ggtree")

library("ggplot2")

tree <- read.tree("rruu.nwk")

p <- ggtree(tree,layout = "circular",ladderize = TRUE)

otu_table = read.delim("rr.txt", row.names= 1, header=T, sep="\t")

p3<-gheatmap(p, otu_table, font.size=1.5, low = "white", high = "black", color = "blue")

p3

我用以上代码做为何热图没有颜色？

用ggtree画进化树

Visualizing and Annotating Phylogenetic Trees with R+ggtreefacet_plot: a general soluti...

周运来就是我

8888 12 18

袁吉贵

嗯嗯嗯