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转录因子 (transcription factors, TFs) 是直接作用于基因组，与特定DNA序列结合 (TFBS/motif) ，调控DNA转录过程的一类蛋白质。转录...

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一、多个亚群各自marker基因联合进行GO以及KEGG分析 在前面几节我们已经知道各个细胞亚群的 marker 基因，接下来我们对这些marker基因进行功能注释和富集分析...

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系列回顾：ArchR官网教程学习笔记1：Getting Started with ArchR[//www.greatytc.com/p/a2bcdfb77961]A...

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加载示例数据 1.运行Seurat 2.差异分析计算logFC值 其中：对象 cells cells包括两种cell type的细胞barcodes（即每一个单独的细胞）对象...

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hello，大家好，今天我们分享的内容来自文章Spatially organized multicellular immune hubs in human colorecta...

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简介 scCustomize是一个单细胞转录组数据可视化的R包，里面集合了一些常用的数据可视化方法，可以与Seurat包进行很好的联用，支持Seurat，LIGER和SCE等...

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hello，大家好，今天我们来分享一下细胞通讯的文章CellChat，其实有关这个软件已经有了很多的文章来介绍了，2020年的6月份我和Cellchat的作者聊过一次，当时感...

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今天我们说一说另外一种---iTALK，iTALK也在很多文章中出现过，原理是基于受配体平均表达量。它有两个优点，第一是可以比较差异受配体，第二是可视化比较好，我们可以借用借...

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特别声明：本部分（系列）内容均来自顾祖光博士对ComplexHeatmap的介绍，仅为学习交流，尊重原创。 闲话少说，先说顾老师：顾祖光老师[https://github.c...

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单细胞测序方法和原理系列： 1. 单细胞转录组建库原理：SMART、TargetAmp和10X genomics[//www.greatytc.com/p/6c5d...

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hello，又是周一，新的开始，今天我们继续分享10X空间转录组的分析内容，而今天主要的内容就是借助空间技术解析肠道的损伤和修复动态，其中用到了大家熟知的NMF[https:...

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Compiled: March 18, 2021 来源：https://satijalab.org/seurat/articles/pbmc3k_tutorial.html[...

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一句话评价：小样本量单细胞转录组在冷门疾病领域应用前景尚可，常规套路也能发NC 1. Title 标题可以看出本研究的主要内容：①构建成纤维细胞的图谱/揭示成纤维细胞的异质性...

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关键词 FindTransferAnchors函数 TransferData函数 细胞类型注释 映射数据集/Transfer 数据集 适用背景 细胞注释的标准一直备受争议，就...

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Seurat从3.0版本引进了SCTransform这个函数用来对数据做标准化，并且这一个函数可以代替三个函数（NormalizeData, ScaleData, FindV...