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前言 最近进行基因组数据分析，绘制圈图，想做两个基因组的比较分析，通过查询文献，发现棉花基因组圈图在细节方面做的较好，主要就是染色体排布中间对称，这样共线性连线就不会出现交叉...
@没摸周 没装gubbins吧
八. SNP检测和进化分析（Snippy）一. 简介 Snippy[https://github.com/tseemann/snippy]是一款用于SNP检测的软件，可以通过分析得到核心SNP，进行比对构建进化树。 ...
和全部显示的格式一样，只保部分留想要染色体编号
五. 基因组共线性分析-基于MCscanX一. 简介 MCScanX是由福建农林大学唐海宝老师参与开发的基因组共线性分析软件，发表至今引用数200以上，相关概念和算法参考文献如下： Tang H, Bowers J ...
@神大人_43ad 最后需要重新排序吗？
admixture 群体结构分析群体遗传学中测的很多个个体，得到了最终的SNP vcf文件，需要将其分成群体，看那几个物种聚在一起，一般使用的软件就是STRUCTURE， 但是STREUTURE运行速度极慢...
这个流程可以进行全基因组SNP分析吗？
教程 | 简单粗暴的叶绿体基因组 SNP Calling 流程写在前面 最近主要忙一些植物群体基因组数据的项目。前面提过，赶时间，全基因组的 SNP Calling 使用 GATK 流程，还是需要跑上两三天。但这个还是耗时，并不一定能够...
写在前面 最近主要忙一些植物群体基因组数据的项目。前面提过，赶时间，全基因组的 SNP Calling 使用 GATK 流程，还是需要跑上两三天。但这个还是耗时，并不一定能够...
前言 最近分析叶绿体基因组，进行SNP Calling，网上搜到生信药丸[//www.greatytc.com/u/068665394ccf]的简明教程 " 教程 ...
检查一下软件有没安装好，再检查一下数据格式
八. SNP检测和进化分析（Snippy）一. 简介 Snippy[https://github.com/tseemann/snippy]是一款用于SNP检测的软件，可以通过分析得到核心SNP，进行比对构建进化树。 ...
@小科研猫 是不是conda没装好
八. SNP检测和进化分析（Snippy）一. 简介 Snippy[https://github.com/tseemann/snippy]是一款用于SNP检测的软件，可以通过分析得到核心SNP，进行比对构建进化树。 ...
@小科研猫 To install this package with conda run one of the following:
conda install -c bioconda gubbins
conda install -c bioconda/label/cf201901 gubbins
Home: https://github.com/nickjcroucher/gubbins
八. SNP检测和进化分析（Snippy）一. 简介 Snippy[https://github.com/tseemann/snippy]是一款用于SNP检测的软件，可以通过分析得到核心SNP，进行比对构建进化树。 ...
你可以把a和b，a和c，b和c两两做blast，输出文件合并，或先将a，b，c序列合并，然后和自身做blast
五. 基因组共线性分析-基于MCscanX一. 简介 MCScanX是由福建农林大学唐海宝老师参与开发的基因组共线性分析软件，发表至今引用数200以上，相关概念和算法参考文献如下： Tang H, Bowers J ...
不太清楚，你估计是数据格式有问题，你参考序列用fasta文件试试
八. SNP检测和进化分析（Snippy）一. 简介 Snippy[https://github.com/tseemann/snippy]是一款用于SNP检测的软件，可以通过分析得到核心SNP，进行比对构建进化树。 ...
