在生信分析或者一些其他的数据分析中,经常会需要绘制桑基图,在这里推荐一个非常nice的R包-sankeyD3(类似于networkD3,但是比其功能更加完善),其出的桑基图比...
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问题: 在准备pyclone的输入的时候,需要点突变和对应的拷贝数信息。点突变的信息可以通过varscan获得,而拷贝数的信息可以通过sequenza获得,但是如何整合点突变...
肿瘤微环境是近年来的研究热点。复杂而动态的微环境中,肿瘤细胞与浸润性免疫细胞、基质细胞等相互作用,这在促进或抑制肿瘤生长、侵袭、转移以及对病人临床预后方面可能具有多方面的影响...
肿瘤突变负荷(TMB)计算 原文出处:https://mp.weixin.qq.com/s/xuwiZWl8hTVzU2m39dIfxg[https://mp.weixin....
读取当前目录文件,CSV文件分割为",",标题为真,第一行设定为标题 展示数据集的结构 把需要应用的分类变量设定哑变量并设定为无序多分类变量,原则上二分类变量无序上述改变,但...
xCell is a recently published method based on ssGSEA that estimates the abundance score...
在R语言中运行Cibersort共需要三个文件,分别是(1)官方提供的22种细胞基因集“LM22.txt”;(2)自己的表达矩阵;(3)Cibersort代码。 (1)LM2...
之前一直在画图,但是没有系统的整理过。今天梳理了一遍,更加清晰一些。 完事儿!export保存。