7.网络图 同地图的空间数据一样,网络图形在可视化领域占据了特殊部分,但空间数据在投影的使用上与常规绘图大不相同,网络图将其自己的数据结构以及自己的可视化模式带入到表格中。由...
面向单细胞的技术革命,让我们得以进入新的研究层面,但也对传统的分析方法提出了一系列的挑战。单细胞技术正在弥补分子生物学和组织生物学之间的鸿沟,进入高通量时代以来,这项技术所揭...
第五章 非约束排序4 对应分析(CA) 1. 对应分析概述 对应分析(correspondence analysis,CA)是分析物种有-无或多度数据最受欢迎的工具之一。原始...
前言 嗨喽,大家好呀~这里是爱看美女的茜茜呐 又到了学Python时刻~ 今天咱们来了解一下 fileinput 。 说到fileinput,可能90%的码农表示没用过,甚至...
第9章 数据操作 9.1 plyr包简介 plyr包中的ddply()函数能够同时在数据的多个子集上做统计汇总。 ddply(.data, .variables, .fun,...
重点来了,今天学习R的向量化操作,这一操作使得在R中很多情况下可以不用写循环来实现对对象内的每个元素进行计算。 sapply函数 假如定义了一个只能接受数值参数的函数: 如果...
The Workflow Description Language (WDL) is a way to specify data processing workflows w...
作者:童蒙审稿:同尘编辑:amethyst 引言 生信分析离不开各种各样的流程。一个好的流程可以帮我们快速的完成各种各样的分析。然而,如何让我们的流程有更高的复用性,可移植性...
输入基因组文件(fasta)及其对应的注释文件(gff/gff3/gtf),得到这个注释文件中所有基因的启动子序列:参数介绍: fa 输入的基因组文件,fasta格式 -g ...
1.获取给定DNA序列的反向互补序列: 思路:从一个文件中导入序列,然后将互补后的结果输出到另外一个文件中。先定义的一个字典: complement = {'C': '...
一、主页 官网:https://effectors.csb.univie.ac.at/method/effectivet3[https://effectors.csb.uni...
有的时候一条序列是像下图这样有多行,我们需要将其转为单行,怎么办呢?
fasta文件的序列名很乱怎么办,自然是python重命名它喽。 这里只展示两种命名方式,一种是在“>”后面插入想要的字符串,后面的内容不变;另一种是按照升序的方式,结合给的...
def get_trans(intrans, outtrans): with open(intrans, "r") as myfile: chr19_name = [...
根据ID从FASTA文件中批量提取序列是做序列分析常做的事情,有网友让我帮忙从11万条中挑选7万条,我自己写写了一个,太慢了;后来发现Biopython官方文档里面“Cook...
摘抄于:公众号见下https://mp.weixin.qq.com/s?__biz=MzI3Mzc1MzczMA==&mid=2247484757&idx=1&sn=e812...