jlyq617

遇到了一个16S的课题，于是开始认真学习ASV和OTU的差别，顺手整理一下。 扩增子测序和鸟枪法测序已经成为微生物组领域最常见的研究手段。尽管鸟枪法测序可以为我们提供更高分辨...

独孤伽罗

在实验室中，我们经常需要对分子生物学数据进行分析，常见的有DNA和蛋白质分子序列比对。分子序列比对分为全局序列比对和局部序列比对两种情况。其具体算法我们将在以后的文章中详细介...

石博士

转录组数据上传教程（SRA） 为什么要上传 我们在投稿之前都要把数据上传才能发表。但是，数据上传如果不知道一些套路的话，会很麻烦。笔者曾经在博士期间被转录组数据上传弄得焦头烂...

纤蹄马

建议大家把数据上传到我们自己的数据库（http://bigd.big.ac.cn/），支持国产。由于我的数据太差了，还是传到NCBI吧~ 第一步：打开NCBI主页，如下图 第...

生信学习者2

phyloseq: 扩增子统计分析利器 phyloseq包对多类型数据的综合软件，并其对这些数据提供统计分析和可视化方法。 介绍   微生物数据分析的主要挑战之一是如何整合不...

GPZ_Lab

本次笔记内容：qiime2-2019.1的16s分析流程，以没有barcode，以demultiplexed的fastq文件为input.同微生物组16S rRNA数据分析小...

你猜我菜不菜

这部分教程依然来自Happy Belly Bioinformatics网站, 主要学习一下使用DADA2获得ASVs数据之后的进一步分析。譬如，微生物群落多样性，样品间的微生...

xuwenpku

作图思路 首先要设计好需要作图类型。我展示组与组之间比较某一指标的差异的情况比较多，这个一般选用箱图。但是为了表达更多的信息，有时也会把单个数据以点图的形式叠加展示出来。 一...