发简信
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主要根据文献中的描述与方法 髓系细胞分类 巨噬细胞，单核细胞，DC细胞 文献一：Single-cell landscape of the ecosystem in early...
TCGA数据库疾病缩写 ACCAdrenocortical carcinoma肾上腺皮质癌BLCABladder Urothelial Carcinoma膀胱尿路上皮癌BRC...
这是我听B站鲮鱼不会飞视频（GO，KEGG，DO富集分析）里的笔记哦~当然有的地方加上的是我自己的理解，如果哪里和视频上讲的不一样那是我自己发挥的，自行忽略.... 市面上公...
一文了解单细胞对象数据结构/数据格式，单细胞数据操作不迷茫。本文内容包括 单细胞seurat对象数据结构， 内容构成，对象的调用、操作，常见函数的应用等。 1. 单细胞seu...
Error: install.packages failed to lock directory 在使用bioconductor安装一些包的时候，比如我安装GEOquery时...
刘小泽写于2020.5.18上次看了热图如何去掉聚类树的同时保留聚类的顺序 ，有朋友留言给出了其他的解决方法，非常感谢！文中会给出答案另外，这次还是带着数据，去看看pheat...
单细胞分析不可避免的会涉及到鉴定不同细胞类型的功能或比较相同类型在不同状态下的功能差异，因此，功能分析在单细胞分析中相当重要. 功能分析的方法很多，这儿我们主要讲述3种功能分...
单细胞GSEA分析需要的文件有两个：1. 单细胞基因表达变化数据（两列，一列是geneid/gene symbol，一列是logFC）（文件格式：.rnk）2. 目标基因集（...
单细胞富集分析系列： 单细胞之富集分析-1：单细胞GSEA分析流程[//www.greatytc.com/p/00f069cb239c] 1. 背景 Gene Se...
MCScanX是另外一个检测基因共线性和进化分析的常用工具之一，2012发表至今引用数已经有好几百了，作者之一的唐海宝老师是国内植物基因组学生信分析、软件开发领域的大拿，在学...
计算各个cluster的细胞数； table(Idents(pbmc)) 定义对应每个cluster对应的细胞类型，也可将ident改为相应的细胞类型，计算每个细胞类型的细胞...
轨迹分析系列： 单细胞之轨迹分析-1：RNA velocity[//www.greatytc.com/p/ee0f7a8e6a06] 拟时间序列分析（Pseudot...
How to map cell fate to branches? 拟时间分析结果有很多重要的结果，但是这些结果如何解读？比如下图的分支点分析结果： 从图中可以看到，行代表基...
背marker list 不要贪多哦，要慢慢地背，一个一个一个地背，然后背了再很快地忘记，如此反复。 外周血单个核细胞（Peripheral blood mononucle...
在单细胞数据分析时，常常用到Seurat这个R语言包。Seurat 分析流程基本涵盖了单细胞分析中的所有常见分析方法，包括filtering，tSNE，UMAP降维及可视化等...
