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Strand bias 链偏好 背景 造成链偏好的原因： 1.Local realignment目的就是将比对到indel附近的reads进行局部重新比对，将比对的错误率降到...

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我们都知道生物信息学（Bioinfomatics）包含两个部分：bio和informatics，即利用生物数据通过计算机学或统计学或数学的方法发现这些数据背后所具有的生物学意...

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关于vcf文件的学习（所有的需要信息都在头文件中） FORMAT variants的格式，例如GT:AD:DP:GQ:PL GT:样品的基因型（genotype） 两个数字中...

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参考这篇ID转换不用怕，clusterProfiler帮你忙这篇详细讲了无参考基因组该怎么办，值得一看 简单介绍一下几种常用的ID：Ensemble id：一般以ENSG开头...

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clusterProfiler是业界大神Y叔写的R包，看过了它的绘图就会使人沉迷于其颜值无法自拔。本文很多内容直接翻译自官方文档，加上了我的测试数据（还是以果蝇为例）。 一、...

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最近在学习cellphoneDB，顺便写一个学习记录吧。 简介 CellPhoneDB是一个可公开获取的受体、配体及其相互作用的存储库。配体和受体都包含亚基结构，准确表征异质...

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hello，大家好，今天我们来分享一个做细胞通讯的分析软件NicheNet，这个软件最大特点就是预测配体活性，所以很多文章里都将NicheNet和cellphoneDB联合使...

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系列回顾：1.RNA velocity分析练习（一）文件下载以及预处理2.RNA velocity分析练习（二）软件安装3.RNA velocity分析练习（三）生成loom...

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加载所需R包 设置工作路径 构建测试数据集 将热图结果按聚类后的顺序输出

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Seurat::DoHeatmap 的谜之报错 最近在学习Seurat教程（Seurat版本3.0.2），发现运行到倒数第二步做热图展示marker genes时总是报错 主...

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刘小泽写于19.6.17-第二单元第三讲：熟悉文献作者提供的两个表达矩阵 笔记目的：根据生信技能树的单细胞转录组课程探索smart-seq2技术相关的分析技术课程链接在：ht...

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前情提要： SPATA：基因集驱动的空间转录组分析框架[//www.greatytc.com/p/81ce67b27529]enrichplot||基因富集结果可视...

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31. 棒棒糖图绘制 清除当前环境中的变量 设置工作目录 使用ggplot2包绘制棒棒糖图 使用ggpubr包绘制棒棒糖图

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同系列文章： sc-RAN-seq 数据分析||Seurat新版教程:Guided Clustering Tutorial[//www.greatytc.com/p...

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作者：yuanzan链接：dyno使用教程--1个R包实现59种单细胞轨迹推断分析)来源：微信公众号著作权归作者所有，任何形式的转载都请联系作者。 在上一期的《单细胞轨迹分析...

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单细胞数据分析常用到建立trajectory和pseudoTime，拟时序分析可以用 Diffusion（ Destiny R package） 给每个细胞添加注释信息，如这...

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最近开发的空间基因表达技术，如空间转录组学可以在保留空间背景的同时，全面测量转录组谱。然而，现有的空间基因表达数据分析方法往往不能有效利用空间信息，不能解决技术分辨率有限的问...