生信博士生一枚，分享科研代码，经验。推文一般很长，努力将一个问题讲全面，感谢你的耐心阅读。
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Dada 2 流程 DADA2数据处理不以序列相似度聚类，只进行去重（或相当于以100%序列相似度聚类），生成的是以ASV为单元的表格；Vsearch数据处理与Usearch...
adonis文档：https://www.rdocumentation.org/packages/vegan/versions/2.4-2/topics/adonis[htt...
如何灵活，快速地可视化置信区间、标准误差以及变量的均值和中位数 本节将详细介绍stat_summary函数的应用,喜欢的小伙伴可以关注我的公众号R语言数据分析指南[https...
GO-Figure! 是一个基于pyhton写的GO富集小软件，方便我们拿到富集结果后直接使用命令行的形式进行可视化，绘制出具有灵活性、可重复性的图形，且可基于最新的GO数据...
最近手头处理一批代谢组数据, 想基于几十个关键差异代谢物代谢物进行下KEGG富集，能想到有两种方式解决，一种常用方式就是基于MetaboAnalyst在线富集，另一种就是解析...
有时候用endnote导入文献后显示的是期刊全称，而用到缩写时候就需要去一些网站上一个个搜索，比如CASSI[https://cassi.cas.org/search.jsp...
查询ggprism包使用时候发现官网给出的一示例图比较常用，这里记录学习一下。 加载R包准备数据 注意两个细节： tools::toTitleCase可以替换字符中每个单词的...
目前有两种方式可计算宏基因组基因的丰度，一种是基于比对，比如bwa,bowtie,soapaligner等主流的比对软件，另一种是不比对快速估计基因丰度，可以用近俩年来流行的...
文章介绍 1| 标题：MetaCHIP: community-level horizontal gene transfer identification through th...
conda安装更好，但这种方法也要学会，因为并不是所有软件都可以conda安装，如果要看conda下安装NGS软件，请看我以前的这篇：用conda安装RNA-seq所需要的工...
ubuntu中没有LS_COLORS，/etc/目录中也没有DIR_COLORS，所以这里使用dircolor命令加以解决 1. 利用dircolors命令，查看我们的系统当...
trimmomatic是一款用来处理illumina测序数据的工具，可以是单条的single reads，也可以是成对的pairend reads。支持压缩格式数据。功能和其...
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转载原创作者：风风是超人原文链接：https://blog.csdn.net/qq_42962326/article/details/105081327[https://bl...
导读 用Metabat2分箱的方法见：宏基因组分箱（二）Metabat2分箱实战[//www.greatytc.com/p/72a60906d9a7]。本篇将展示用...
导读 用随机森林“分类”的方法寻找16S测序数据中与分组有关的细菌。 一、数据准备 标准化细菌丰度表格式要求：不用放样本ID；最后一列放分组变量 二、R分析准备 三、随机森林...
导读 prokka注释细菌基因组，获得该基因组的CDS、Gene、RNA、EC、COG等注释信息。 一、基本信息 文章：Prokka: rapid prokaryotic g...
