青山卷白云，留酌待情人
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单个数据集分析，多个数据集比较分析，具有较大成分差异的数据集比较分析。本教程是单个数据集分析流程 此教程概述了使用 CellChat 的单个数据集对细胞通信网络进行推断、分析...
单细胞富集分析系列： 单细胞之富集分析-1：单细胞GSEA分析流程[//www.greatytc.com/p/00f069cb239c] 单细胞之富集分析-2：批量...
问： 答： 首先，你需要对单细胞测序的数据基础分析有一定的理解，我们的教程也更了好几期了，你需要掌握下面的内容后再进行后续学习：手把手教你做单细胞测序数据分析（一）[http...
1. Seurat对象查看当前的Assay 在进行了SCTransform操作后，矩阵默认会变成SCT矩阵，如果不加设置，后续的PCA等操作都是基于SCT矩阵。修改Defau...
这里是佳奥！单细胞转录组的学习并不轻松，进度过半让我们继续吧。 1 再次了解文章数据 2 使用Seurat Package（新版参考文档修改） 新版代码参考： 同样的发现，普...
呜呜最近发现我工作效率低的一个原因就是重复性工作没有流程化，一气之下，把seurat分析单套数据的流程封装了起来，步骤包含数据质控、数据标准化、聚类以及初步的细胞类型鉴定。细...
随着生物学背景知识的增加，单细胞图谱的可视化直接用10X的Loup或者seurat的Dimplot函数直接绘制的umap/tsne图往往很难达到要求了，这就要求我们提高绘图技...
文献标题：DoubletFinder: Doublet Detection in Single-Cell RNA Sequencing Data Using Artifici...
在单细胞数据分析当中，当我们聚类分群完成之后，紧接着就是细胞类型注释，细胞类型的注释就离不开 基因marker ，即在目标细胞类群和其它细胞类群之间呈现出不同表达模式特征的基...
更多重要函数见：Seurat重要命令汇总[//www.greatytc.com/p/104f9290af8b] Seurat绘图函数总结 在使用R语言进行单细胞数据...
大家做单细胞项目的时候，会涉及到多个组别，在分群之后想进行不同组别的差异基因分析，来查看不同处理对试验有什么影响。但生信小白只会流程化的分析，在对两组之间的单细胞进行差异分析...
Scanpy 是一个基于 Python 单细胞数据分析软件包，内容包括预处理，可视化，聚类，拟时序分析和差异表达分析等。在单细胞数据过多时，使用R进行一些单细胞分析比如mon...
