1. 问题 当使用conda安装包时，搭建轮子会默认使用home目录下的存储，但是有时候一次性安装的包比较多，home目录又小得可怜就会遇到如下报错： 主要是which is...
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1. 问题 当使用conda安装包时，搭建轮子会默认使用home目录下的存储，但是有时候一次性安装的包比较多，home目录又小得可怜就会遇到如下报错： 主要是which is...
总是被基础的问题折磨得非常难受，在使用常规命令adata.write('data.h5ad')时出现报错： Github上面其实由类似的问题讨论：https://github...
scanpy的标准化从sc.pp.normalize_per_cell()更新成了sc.pp.normalize_total()，它官方也是建议用后者（当然前面这个函数仍然存...
BUG 当正常使用anndata或者scanpy读入数据的时候，如下 常规操作，数据可能也是自己用anndata储存的，但是读入马上会出现一段非常长的error提示： 反正结...
最近在用ggplot2画图的时候遇到了一个挺有意思的bug，因为ggplot2以图层的使用著称，但最近在将两张图叠在一起的时候遇到的颜色指定上面的bug，因为都是连续性的数据...
对数据的拟合（回归分析）是常见的分析需求，可以更直观地反应数据的变化趋势，并对数据进行评价。（虽然这个东西excel其实也可以很简答地搞定，但是可视化和文章Methods阐述...
等高线其实是可视化中非常常见的一种数据表现方式，不仅仅用于地理学，多种反应空间平面下属性梯度变化的情况均可以很好的使用。建议稍微有ggplot2基础，不然我推荐用excel其...
1.目标 输入a和b,返回c(对应组合的结果) 2.解决 python对于许多这种看上去很简单的事情，其实反而没有直接的基础函数，不像R自带的paste()/paste0()...
Shell shell 脚本传参默认是以数组array的形式传入，且是字符型。设定好了的，脚本内不需要任何的语句申明，脚本后面跟了内容，就会自动默认是参数内容传入脚本。相当于...
在进行一些数据分析是经常会需要将一个数据对象转化为矩阵，以及稀疏矩阵（sparse matrix）和稠密矩阵之间的互化。 问题&报错 在R环境中，用的非常普遍的函数就是as....
1.背景简介 shell脚本在处理自动循环或大的任务方面可节省大量的时间，通过创建一个处理任务的命令清单，使用变量、条件、算术和循环等方法快速创建脚本以完成相应工作，这比在命...
1.背景 单细胞数据分析在进行完细胞自聚类或者细胞类型注释后，一般需要对查到的差异基因可视化，用来显示基因和细胞群的相关性，进行后续分析。当然Seurat和scanpy本身可...
《灿烂千阳》是胡塞尼的作品，其实大家更熟悉的可能是他的世界级畅销书《追风筝的人》，不过相较于后者，这本书个人觉得应该是更加成熟的作品。读过《追风筝的人》，那《灿烂千阳》非常值...
在使用Seurat时，经常需要对不同分类的样本在同一画布上进行可视化，可以非常方便地通过其DimPlot()函数的goupyby和spliby等参数实现，例如对照组和实验组，...
无论是单细胞、空间组还是ATAC的数据，有时由于下游分析的需求或可视化的需求，同时由于python的运算速度的优势，目前越来越多单细胞分析的工具开始在python环境下开发（...
在加载包SeuratData是遇到了以下报错： 重装还是不解决问题，之前使用也没有出现过报错。 检测.libPaths()路径也是没有问题的，所以有可能为内码冲突问题 在操作...
1.报错 在安装Seurat会出现如下核心报错： 2.原因 尝试手动下载解压安装rgeos、从Github上安装Seurat、修改镜像，都不解决问题，因为着根本不是下载的错误...
