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在生物学和植物学研究中，地图作为展示物种分布、分析生态环境关系以及追踪动态变化的重要工具，具有不可或缺的作用。 通过地图，研究人员能够直观地呈现植物物种的地理分布范围，深入探...

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这是我看别人数据画的，比一般的火山图好看，那我们用上次的数据试一下。 1、上代码，简单处理一下数据即可绘图 2、出图（代码正常运行，数据自己调整啦~） 3、完毕 生物信息学领...

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一、文献 WGCNA（Weighted Gene Co-expression Network Analysis，加权基因共表达网络分析）是一种用于挖掘高维基因表达数据的系统生...

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火山图（Volcano Plot）是一种常用于生物学、医学和基因组学等领域的数据可视化方法，特别是在差异表达分析中。它通过横坐标和纵坐标来展示每个基因的变化情况，使我们可以一...

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SNP密度图是一种常用的遗传学数据可视化工具，主要用于直观展示单核苷酸多态性（SNP）在基因组上的分布密度。 通过该图，研究者可以有效地分析SNP在不同染色体或基因组区域的分...

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一、力导向布局（Force-directed Layout）： 力导向布局可以通过模拟物理力（例如斥力和引力）来摆放节点，使得相互作用较强的蛋白质会被拉得更近，反之则相隔更远...

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蛋白质互作网络可以帮助我们探索基因家族与哪些蛋白相互作用，挖掘出丰富的信息。不仅限于基因家族，差异表达基因、免疫、胁迫、药物响应相关基因等，都能通过PPI分析发现许多有趣的故...

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为了提取所有拟南芥（Arabidopsis thaliana）WRKY基因的ID，我们可以使用Ensembl Plants或TAIR数据库提供的工具，或者直接从相关的基因组数...

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富集分析可以绘制很多不同的图形和两种结果表 一、两种结果表 1、GO富集分析结果以及表头各列的含义如下： 1）ONTOLOGY：表示GO分类的种类，通常有三个主要的类别： ①...

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GO和KEGG富集方法以及简单富集图的绘制 一、需要准备文件： 基因列表（可以是差异分析的结果文件或者取交集的交集基因等，有标志的基因Symbol名称即可），测试文件为DEG...

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跑一遍 一、数据准备和读取 拟南芥数据 二、数据处理 三、可视化 1、气泡图 2、柱形图 今天就不介绍图形了，就跑个完整代码~下次出专门介绍各种图的。 生物信息学领域非常广泛...

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用之前的.rad文件，来简单跑一下，kegg富集通路。 一、读取数据，筛选阈值 二、处理数据，得到结果 三、可视化 1、绘图前的处理 2、气泡图可视化 3、柱状图可视化 以上...

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.rda 文件是 R Data 文件的缩写，是 R 语言专用的一种二进制文件格式，用来保存 R 环境中的对象。.rda 文件通过 save() 和 load() 函数来进行存...

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学习GO富集分析 一、准备 如果想安装动物的数据库可以用OrgDB数据库，其中包含了19个模式物种对应的全基因组注释R包，方便直接根据物种基因ID进行GO，KEGG注释分析等...

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一、基本内容回顾： 1、基因本体论（GO）主要用于帮助我们理解高通量组学实验结果，把那些差异表达的基因整理成一组具有相似功能的基因。然而，GO本身是分层次的，这就导致我们得到...

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多序列比对（Multiple Sequence Alignment，简称 MSA）大家应该都不陌生了吧！这是用于比较多个序列相似性和差异性的常用分析方法。 在 Linux 系...

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一、原理 Gene Ontology（GO）是一个国际标准化的基因功能分类体系，提供了一套动态更新的标准词汇表，用于全面描述生物体中基因和基因产物的属性。 1）GO包含三个主...

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基因表达芯片（Microarray）和RNA-seq都是用于分析基因表达的技术，但它们的原理、数据格式和输出结果有所不同。 1. 基因表达芯片（Microarray）数据格式...

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初学者学习PYTHON 1、推荐Pycharm Edu 官网下载：Learn Python with PyCharm for Education[https://www.je...