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  • HISAT2 Bowtie2 提取唯一比对 unique mapping reads

    把read比对到基因组之后,需要提取唯一比对来进行下一步分析。 bowtie2和HISAT2 都没有只输出唯一比对的命令,所以需要对比对结果sam文件进行提取,可以通过sam...

  • @小灰灰不会飞那又怎样 可以将提取fusion的脚本也发给我一份吗?

    基因融合 — step2 Delly 软件

    一、概述 Delly is an integrated structural variant (SV) prediction method that can discover...

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    融合基因分析结果可视化

    融合基因,是指将两个或多个基因的编码区首尾相连,置于同一套调控序列(包括启动子、增强子、核糖体结合序列、终止子等)控制之下,构成的嵌合基因,融合基因的表达产物为融合蛋白。如下...

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    RNAseq分析流程:从测序Rawdata到Count输出

    在之前学习snakemake的基础上,这里重新又对之前编写的pipline进行了优化,只需要在config.yaml中输入相应的samples,以及参考基因组路径,即可以得到...

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    转录组入门(5): 序列比对

    欢迎来GitHub上fork,一起进步: https://github.com/xuzhougeng 比对软件很多,首先大家去收集一下,因为我们是带大家入门,请统一用hisa...

  • 我的拖延症

    最近我的拖延症越发厉害了。自从走出校园参加工作后,没有了校园里老师们的约束,我就像是脱了缰绳的野马,可以说做事随心所欲。每日工作不能按时完成,就拖到“明天”,然后三天的工作让...