velocyto预处理 Run velocyto 从Seurat对象导出细胞、基因、表达信息,供 scVelo 使用 使用 Python 预处理数据 scVelo计算RNA速...
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@想不出来昵称怪我咯 你查看一下数据的类型,该是矩阵的得是矩阵,再检查一下
R Package Scissor 学习笔记简介Scissor R包提出的Scissor算法(function Scissor),这是一种新颖的单细胞数据分析方法。利用批量(bulk)表型从单细胞测序(scRNA-se...
@你吃太多 应该可以吧
R Package Scissor 学习笔记简介Scissor R包提出的Scissor算法(function Scissor),这是一种新颖的单细胞数据分析方法。利用批量(bulk)表型从单细胞测序(scRNA-se...
你的意思是单细胞和bulk是不同物种的数据,应该是不建议的,肯定是越配对越好
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@JUpter_ 换句话说就是每个spot里你估计会有多少cell,可以根据你样本细胞的大小和spot的直径估计一下
cell2location学习笔记Cell2location 是一个原则性的贝叶斯模型,它可以解析空间转录数据中的细胞类型,并创建不同组织的全面细胞图。Cell2location 解释了变异的技术来源,并借用...
@2e97c6719d5d 我用的是4.1.2
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@YYYYYaooo 我才看到评论不好意思,不知道你的问题已经解决了吗,可以设置findmarker函数里的group.by参数来解决你这个问题
R Package Scissor 学习笔记简介Scissor R包提出的Scissor算法(function Scissor),这是一种新颖的单细胞数据分析方法。利用批量(bulk)表型从单细胞测序(scRNA-se...
引自https://imagemagick.org/Usage/resize/[https://imagemagick.org/Usage/resize/]
引自https://yingma0107.github.io/CARD/documentation/04_CARD_Example.html[https://yingma01...
通过动力学建模将RNA速率推广到瞬时细胞状态 RNA速率开辟了利用scRNA测序数据研究细胞分化的新途径。RNA速率基于剪接和非剪接mRNA的比率描述了在一个给定时间点上,一...
@018e7e485463 你好,bulk和表型一定要对应的,单细胞我理解是可以是各种细胞在一起的,不一定非要是肿瘤的
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从读取数据开始。 Read10X ()函数 读取 cellranger pipeline输出的10X单细胞数据,返回一个(UMI)count矩阵。此矩阵中行(row)代表基...