convert bed to gtf 1.使用conda安装bedtogenepred和genepredtogtf包 conda install -c bioconda uc...
发简信
IP属地：云南
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生信分析中最常见的数据格式应该就是fastq了。我们最初拿到的数据也是fastq格式。通常情况下，原始下机数据经过拆分之后获得的数据中会包含有低质量、N(未知碱基)、接头序列...
目标： 根据下载的GTF文件，利用bedtools提取基因组的不同区域。 实例： 见参考的网站 参考： 1、https://davetang.org/muse/2013/01...
这篇文章很长，超过1万字，是本系列中最重要的一篇，因为我并非只是在简单地告诉大家几条硬邦邦的操作命令。对于新手而言不建议碎片时间阅读，对于有一定经验的老手来说，相信依然可以有...
虽然有人写的挺好的了最全Bedtools使用说明--只看本文就够了 - 简书 (jianshu.com)[//www.greatytc.com/p/f8bbd51b...
基因组中重复序列大体分为两类：串联重复（Tandem repeats，Tandem Duplication） （TRF可预测）散在重复（Dispersed repeats），...
最好的文档其实还是官方文档。。。http://bioconductor.org/packages/release/bioc/vignettes/DSS/inst/doc/DS...
前言 首先，对3个R包进行简单介绍。methylkit：用于高通量亚硫酸氢盐测序的DNA甲基化分析和注释的R包。该包的目的是处理RRBS以及WGBS的测序数据。此外，也可以处...
