1、DAP-seq 在基因组水平上,鉴定转录因子的结合位点(transcription factor binding sites, TFBS)非常重要。ChIP-seq是进行...
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1、DAP-seq 在基因组水平上,鉴定转录因子的结合位点(transcription factor binding sites, TFBS)非常重要。ChIP-seq是进行...
有人问miRNA靶基因如何预测的问题,鉴于自己也做过相关的分析,稍有点经验,总结记录一下。 一、miranda预测 软件安装 测试example 再举一例(个性化分析) mi...
目的 经过fastqc进行质量控制之后,我们能够发现在fastq数据里存在着一些会影响下游分析的因素,包括adapter和低质量reads等。因此,在正式进入比对之前,我们要...
国际惯例,先上图 目的 Overview最后一部分是circRNA染色体分布展示,这里想到用circos图就是俗称的圈图来展示。 关系: 之前想再circos中把circRN...
格式 sam文件是短序列比对生成的文件,是二代测序中最核心的文件。在RNAseq,变异检测等分析中,都需要首先生成sam文件格式。bam文件是sam格式的二进制格式,转换为二...
2021/03/22 这是一个小任务 读取某个目录下的文件 结果是一个列表,包括此目录下所有的文件的全称 及 文件扩展名(.txt,.fasta,.gz等) 循环输出每一个文...
2021年开年第一篇笔记~ 这篇笔记主要记录DiffBind包的学习。在很久以前我写过一篇ATAC-seq分析流程(ATAC-seq分析练习[https://www.jian...
由reads count数计算TPM 和FPKM下载gff文件http://venanciogroup.uenf.br/cgi-bin/gmax_atlas/download...
参考教程: Griffith Lab tutorial[https://rnabio.org/course/] raw data/PF data/Q30 data/clean...