前面说了cellranger安装和一些简单的使用，我们继续看一下cellranger的结果。一文学会单细胞转录组的CellRanger（一） - 简书 (jianshu.co...
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本期内容展示Stereopy的Cell Bin的处理，即bin1的时候的教程 一、代码教程 1、读取数据生成 StereoExpData 对象 2、质控 3、过滤，根据QC部...
一、背景介绍 大家其实对华大测序的原理什么的都知道，但是以下概念是比较重要的，什么是DNB，bin，我们怎么选择binsize的大小等问题就至关重要了。首先解释以下DNB和b...
Warning in install.packages :package ‘STRINGdb’ is not available (for R version 4.0.2) ...
一、scMetabolism的安装 scMetabolism是一个R包，用于在单细胞分辨率下量化代谢活性，目前只适用于物种是人的单细胞数据。作者推荐使用seurat的数据进行...
一、什么是Cell Ranger？ Cell Ranger 是一组分析管道，用于处理 Chromium 单细胞数据，将fastq原始数据经过比对等、生成表达定量矩阵、执行聚类...
本教程介绍了Seurat包与sctransform 包一起分析时候的一般方法。首先你也许会问：sctransform包是用来干嘛的？ 这是一个值得关心和探讨的问题，我也将做一...
一、 MANorm介绍 MAnorm是一个稳健的模型，用于定量比较 TF（转录因子）或表观遗传修饰的 ChIP-Seq 数据集。MAnorm 使用两个样本的共同峰作为参考来建...
在读张泽民老师发表的新冠文献的时候看到计算免疫细胞的cytokine score或inflammatory score使用了Seurat包的AddMouduleScore函数...
2024年5月20日更新：目前大家可以参考这篇👇，更加方便：生信 | 超便捷！iSeq同时支持快速下载GSA/SRA/ENA的数据[https://www.jianshu.c...
一、介绍 scRepertoire 旨在从 10x Genomics Cell Ranger 管道中获取过滤器 contig 输出，处理该数据以根据两个 TCR 或 Ig 链...
写在前面：今天学习了Rcis Target这个包，每一次在学习一个包之前，苦恼和痛苦是不知道这个R包用来do for what？why to do？今天看了https://w...
这个和服务器网络有关系
KEGGREST使用方法一、介绍 KEGG[https://www.kegg.jp/kegg/] 是一个数据库资源，用于从分子水平信息，特别是基因组测序和其他高通量产生的大规模分子数据集，了解生物系...
一、KEGG数据下载 1、先进入官网：https://www.kegg.jp/[https://www.kegg.jp/] 2、进入KO (KEGG ORTHOLOGY) D...
一、介绍 KEGG[https://www.kegg.jp/kegg/] 是一个数据库资源，用于从分子水平信息，特别是基因组测序和其他高通量产生的大规模分子数据集，了解生物系...
当我们需要做非模式物种的富集时，进行查询后也没有对应的数据，那么需要我们自己准备。那就需要这个物种的基因组数据fasta 和gtf 文件自行构建。这里我以斑马鱼为例。斑马鱼其...
