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@Cuticular 物种太多，物种之间遗传进化距离太远，没有单拷贝基因很正常。

Orthofinder2鉴定单拷贝基因并构建进化树

实验目的：比较基因组学，从基因组获取单拷贝基因，并构建有根的进化树，并估计分化时间，最终画出有分化时间的进化树实验流程：orthofinder2获取单拷贝基因——muscle...

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编译perl的脚本的时候，如果遇到类似于Perl lib version (5.34.0) doesn't match executable '/usr/bin/perl' ...

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第3列就是进化的时间。使用手动计算注意使用正确的u。cat genome.fa.pass.list.gff3|awk '$3=="repeat_region"{split($9,a,";");print $1","a[3]","a[5]}'|sed 's/Classification\=LTR\///g;s/ltr_identity\=//g'|awk -F ',' '{print $1","$2","(1-$3)/((7e-9)*2)}' >LTRtime.csv 我这里使用的u是7e-9,你需要使用对应物种的u.这个是拟南芥的u.

LTR-RTs的鉴定,LAI值的计算

LAI是一种新的评估基因组组装质量的评价标准。LTR讲解[//www.greatytc.com/p/a93cdbc36339]部分转载自https://www.ji...

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例如有Zeamays B73 V3的vcf想 转为V4版本的vcf,就可以使用liftover进行。 如果有Zeamays B73 V4版本的基因，想转为Zemays Mo1...

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ldsc github[https://github.com/bulik/ldsc] 1. 安装ldsc 2. 开始计算遗传力 需要提前准备好GWAS的结果文件summary...

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@如风逝 好像可以用其他组学代替。完全不用不知道能不能运行

TOP用于表型预测

TOP是2022年发表在GB上的工具，基于rrBLUP包进行预测的工具原文地址 以目标为导向的优先级：通过育种中的预测分析整合生物体和分子性状的靶向选择策略 |基因组生物学[...

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在获取农业数据集后,应用深度学习开展农业对象识别与检测研究的总体过程包括数据集准备、网络架构、训练与验证评估。其中，准备数据集时包括数据标注、数据增强、数据清洗、标准化或规范...

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使用前先安装optuna.pip install optunaoptuna适用于多种机器学习框架包括pytorch,tensorflow等。可以optuna examples...

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LeNet-5：这是最早的 CNN 模型之一，用于手写数字识别。 AlexNet：在 LeNet-5 的基础上进行了改进，是 2012 年 ImageNet 竞赛的冠军模型。...