1.46版本phyloseq 熟悉微生物群落生态分析的大概率都会用过phyloseq包，昨天处理数据的时候，发现主函数的一个比较有意思的地方——物种丰度表-谱系树-元文件...
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1.46版本phyloseq 熟悉微生物群落生态分析的大概率都会用过phyloseq包，昨天处理数据的时候，发现主函数的一个比较有意思的地方——物种丰度表-谱系树-元文件...
1. 从多因子设计实验说起 包含假设检验的设计实验（structured experiment）对生态学至关重要，这种实验通常包含复杂的、多因子设计。而方差分析等统计方法提供...
高通量测序获得的微生物群落数据通常具有2个重要特征：稀疏化（sparse）和成分性（compositional nature）。前者即矩阵中存在很多0值，后者即数据对样本to...
丛枝菌根真菌（arbuscular mycorrhizal fungi，AMF）在系统发育上属于球囊霉亚门（Glomeromycotina），能与陆地上超过80%的植物物种（...
1. 起源——checkerboard distribution 在一项关于新几内亚岛（New Guinea）及其周边岛屿的鸟类群落的研究中，Diamond声称找到了鸟类物种...
科普每个月也要交付一篇。脑子也不挺的在转，到底写点啥好呢？动物？植物？微生物？还是转基因？感觉这些都没什么好写的，或者就算是硬憋出来了，文章的质量也难以保证。宁肯不投稿，也不...
1. 报错：导出pdf不包含页面 R自带plot()函数的作图思路与ggplot2一样，都是叠加图层，最终成图。但是，在最后导出环节不一样。ggplot2采用ggsave()...
本文主要介绍通过effect size来展示实验处理或控制因子对一些实验指标的影响。这种effect size，不管是实际差值（raw mean difference）或者其...
问题：如何将for循环的结果转成数据框 熟悉for循环的朋友都知道，一般我们会将分析结果存到向量、数据框或者列表中。而大部分分析结果都是嵌套类型的list，即一个list中套...
1）排序图添加环境梯度等值线 主要用到vegan包的ordisurf函数，主要思路是： 将样点携带的环境因子信息构建样条曲线（splines） 样点的坐标信息和样条曲线的坐标...
参考资料： 最好用的离线markdown编辑器Haroopad介绍 Haroopad介绍 Haroopad官方网站 http://pad.haroopress.com/use...
1）生态实验设计 本章节中， 我们回顾下实验设计的基本类型，具体解释不再赘述，可自行百度或找相关书目 完全随机设计Completely randomised design 随...
1 贪婪匹配和非贪婪匹配 网上很多相关介绍，这里概念解释不再赘述。主要是如何理解这两种匹配 Note1 : 贪婪匹配的最大长度匹配 非贪婪匹配的尽可能少的字符匹配 Note2...
1 出现问题 今天在写一个求众数的函数，思路很简单：统计unique数值，并计算其频数，取最大值就是，函数如下： 众数值没有问题，但是此处出现了因子水平levels，函数最后...
从学习用OncoPrint画基因组突变的“瀑布图”，发现顾博士创造的ComplexHeatmap是非常强大的一个包。 顾博士在他的GitHub上展示了这个强大的包在分析基因组...
1) 常见元字符 代码代码含义.匹配除换行符以外的任意字符\w匹配字母或数字或下划线\s匹配任意的空白符\d匹配数字\b匹配单词的开始或结束(定位符)^匹配字符串的开始(定位...