转载GATK4.0和全基因组数据分析实践（下） 原创：矿工碱基矿工2018-03-23 前言 在上一篇文章中我已经用例子仔细跟大家分享了WGS从原始数据到变异数据（Fastq...
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转载GATK4.0和全基因组数据分析实践（下） 原创：矿工碱基矿工2018-03-23 前言 在上一篇文章中我已经用例子仔细跟大家分享了WGS从原始数据到变异数据（Fastq...
最近看了GATK的网站，以前经常用GATK call somatic mutation， 但是用的版本太老了，另外服务器最近换了盘，很多代码路径都变了，网上关于GATK4的教...
你这写错了，popA是object pop,popB是ref
XP-CLR选择信号检测基因组选择信号的方法有很多种，其中 XP-CLR 方法是常用的一种。XP-CLR 是陈华老师、Nick Patterson 和 David Reich 在 2010 年发...
1 简介 BCFtools 是一款多种实用工具的集合，它可以用于处理VCF文件和二进制的BCF文件。它可以接受VCF格式、压缩的VCF格式以及BCF格式，并能自动检测输入的格...
2021-01-01 更新 简单记录一下平时的分析过程 和RNA-seq前期流程类似 -- 质控、去接头、比对参考基因组、排序 后期就是要提取甲基化位点，包括CpG、CHG、...
已有的工具如circos, 只能绘制弯的染色体，又如R包chromoMap，IdeoViz，karyploteR，ggbio和在线工具Idiographica，虽然能绘制直的...
基因流（也称基因迁移）是指从一个物种的一个种群向另一个种群引入新的遗传物质，从而改变群体“基因库”的组成。通过基因交流向群体中引入新的等位基因，是遗传变异一个非常重要的来源，...
刘小泽写于19.1.20-21要进行GO或者KEGG富集分析，就需要知道每个基因对应什么样的GO/KEGG分类，OrgDb就是存储不同数据库基因ID之间对应关系，以及基因与G...
1. 环境准备 pythongff3文件：https://www.gencodegenes.org/human/release_19.html[https://www.gen...
====环境和测试数据准备===== 需要先安装OrthoFinder，这个参考前面一个帖子。然后今天我们主要来测试CAFE。 安装也比较简单： 下载安装包之后 https:...
写在前面在进行基因组学研究中，总避免不了对一些SNP和Indel进行分析，如何去注释它们的，就需要用到SnpEff，SnpEff是一个变异注释和预测变异影响(氨基酸和核酸改变...
基因组特征（GenomicFeatures） 包括基因组上的基因模型（gene model）或其他序列特征（gene feature），如genes、exons、UTRs、t...
这是一个venn图吧，是不是可以直接使用UpsetR搞定？
跟着Nature Communications学作图：R语言ggplot2气泡图组合水平柱形图完整示例论文 Pan-African genome demonstrates how population-specific genome graphs improve high-t...
概念 PCA（principal components analysis）即主成分分析。主成分分析也称主分量分析，旨在利用降维的思想，把多指标转化为少数几个综合指标。 在统计...
利用协方差矩阵，特征值和特征向量将高纬变量投影到数个低维变量的过程； PCA分析的过程就是从千万级别的SNP位点中提取关键信息，以便使用更少的变量就可以对样本进行有效的刻画和...
使用ggscatter函数绘制散点图 加载所需R包 基本用法： Usage 常用参数： Arguments 使用示例： Examples 参考来源： https://www....
写的真好
电泳迁移率变动（EMSA）实验原理EMSA实验原理 凝胶阻滞或电泳迁移率变动实验（Electrophoretic mobility shift assay，EMSA） 是一种研究DNA结合蛋白质和相关的DNA...
EMSA实验原理 凝胶阻滞或电泳迁移率变动实验（Electrophoretic mobility shift assay，EMSA） 是一种研究DNA结合蛋白质和相关的DNA...
1 Bedtools:一个强大的基因组算法工具集 Bedtools是由犹他大学昆兰实验室开发的基因组算法工具集，它堪称是基因组分析工具中的瑞士军刀。Bedtools可以对基因...