孟德尔随机化推断暴露因素与健康结局的因果关系[//www.greatytc.com/p/8ac31267d3d8] 主要步骤：1. 读取暴露因素GWAS数据选取合适...
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写在前面 目前各种组学培训开展的如火如荼，却鲜有生物信息学数据库搭建的相关教程和学习流程。原因有以下几个： 1.学习数据库的搭建付出多，回报少。有这功夫应该可以把大部分组学知...
基因表达差异分析是我们做转录组最关键根本的一步，edgeR+limma是目前最为推荐的方式。本文结合示例数据，将对这个过程进行梳理，让你明白limma包的why，what，h...
【CIBERSORT】超详细，从数据下载到数据分析全过程(初学者笔记) cibersort是目前引用次数最多的免疫细胞浸润估计分析工具，2015年首次发表于nature me...
余生”二字，简单却又蕴含着千钧之力，藏着对未来生活的期待，也藏着对过往情事的太多不舍。 今天给大家推荐的歌曲是由歌手王贰浪演唱的《愿你余生漫长》，旋律缓缓，却直击心灵，让人想...
写在前面的话 你既然点进来了，说明你多半用过这个软件。但我猜，大多数人早期使用这个软件的时候，一定是赶鸭子上架：因为要画图，所以必须会。 但你真的懂了么？ 太长不看系列 对于...
包的安装 包的导入 数据整理 做相关系数矩阵的时候，经常会碰见有一列的数值唯一，是常数，没有办法进行相关系数矩阵的运算。解决办法是采用jitter包，在数值矩阵的每一行加上随...
前几天有一个读者在公众号留言问上面这幅图应该如何实现，我想到一个办法是利用ggplot2分别画散点图和密度图，然后利用aplot包来拼图，aplot包是ggtree的作者新开...
简介 在生物信息分析中，经常会做序列分析图（sequence logo），这里的序列指的是核苷酸(DNA/RNA链中)或氨基酸(在蛋白质序列中)。sequence logo图...
转载：https://biozx.top/bed.html[https://biozx.top/bed.html] 参考 UCSC数据文件格式[http://genome.u...
title: GDAS006-管理与处理大量BED文件date: 2019-09-05 12:0:00type: "tags"tags: Bioconductorcatego...
先来看一下常见的基因组注释格式 bed gtf gff 需要特别注意的是，bed的每一行记录是左闭右开区间，并且以0作为染色体的起始；而gtf的每一行记录是包括区间的两端的，...
一、不求甚解系列 软件下载及配置 conda安装： conda install -c bioconda homer 使用configureHomer.pl完成HOMER软件的...
本期解读文献 内容“ 在含氧量正常的情况下，三阴乳腺癌的LncRNA LINK-A激活HIF1α信号通路 ” 一、调控通路 LncRNA LINK-A在细胞质中与蛋白BRK...
在基因组调控元件分析中，HOMER 可以用于发现新的motif。HOMER 通过比较两个序列集，再使用ZOOPS scoring (zero or one occurrenc...
scATAC分析神器ArchR初探-简介（1）[//www.greatytc.com/p/90ccb3d24322]scATAC分析神器ArchR初探-ArchR进...
