鹿无为

写在前面的话 你既然点进来了，说明你多半用过这个软件。但我猜，大多数人早期使用这个软件的时候，一定是赶鸭子上架：因为要画图，所以必须会。 但你真的懂了么？ 太长不看系列 对于...

佳奥

组学分析之ChIP-Seq，蛋白质修饰。这里是佳奥，我们进入新一篇章的学习！ 首先根据生信技能树的课程思维导图简要列出实战分析的流程： sra-tools：下载测序数据 fa...

佳奥

这里是佳奥！ 到了数据下载这一步，之前我都是在NCBI上直接用浏览器下载，不过有的数据寻找链接比较耗时，这一次开始我就使用sratoolkit来下载处理原始数据。 1 软件安...

周运来就是我

在科学论文中，我们经常要用到热图。我们在热图在单细胞数据分析中的应用比较系统地介绍了热图的一般规则。但是在实际操作中还是会遇到一些细节问题，如标签顺序。 我们知道一个好的热图...

生信云笔记

RSS特异性指数   继前一篇帖子[网络CSI评估基因关联性及regulon聚类模块化[https://mp.weixin.qq.com/s/p5c0ZcjmqCfLEUNP...

生信云笔记

pyscenic做为scenic的python版本，相比R版本实现了分析速度上的巨大提升，尤其是最耗时的共表达网络构建步骤。实测时间如下，数据集1 (4257 cell x ...

可爱的一只帆

SCENIC (Single-Cell rRegulatory Network Inference and Clustering）是一种能够从单细胞 RNA-seq 数据（S...

cc的生信随记

dittoSeq 是一款对单细胞和批量 RNA 测序数据进行分析和可视化的工具，提供了多种可视化效果，并且允许自定义。对于单细胞数据，dittoSeq 直接处理在其他软件包（...

felixhell

在进行数据分析时,limma作为一个功能十分强大的存在,而且3步（1.ImFit; 2.eBayes; 3.topTable）就能完成差异分析。但是在做差异分析的时候limm...